Создание паттернов для поиска и распознавания аминокислотных последовательностей

---

Паттерны строились на базе этого кусочка выравнивания.

*

G

L

P

K

_

L

I

S

I

N

:

E

K

K

Y

I

L

A

L

D

Q

G

T

T

S

S

:

1

5

G

L

P

K

_

T

H

E

A

Q

:

M

N

Q

Y

I

L

A

I

D

Q

G

T

T

S

S

:

1

5

G

L

P

K

_

B

A

C

A

N

:

M

K

K

Y

I

L

S

L

D

Q

G

T

T

S

S

:

1

5

G

L

P

K

_

E

C

O

L

I

:

E

K

K

Y

I

V

A

L

D

Q

G

T

T

S

S

:

1

5

G

L

P

K

_

C

L

O

A

B

:

M

K

K

Y

I

I

A

L

D

Q

G

T

T

S

S

:

1

5

k

k

Y

I

6

a

6

D

Q

G

T

T

S

S

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	EKKYIVALDQGTTSS	1	Нет, только последовательность GLPK_ECOLI
Сильный	[EM]-[KN]-[KQ]-YI-[LVI]-[AS]-[LI]-DQGTTSS	8	да
Слабый	YI-X(3)-DQGTTSS	31	да

Обратим внимание на то, что для белка GLPK_ECOLI существует относительно большое количество гомологов с идентичностью 40-80%. Этим объясняет то, что не просто при сильном паттерне (не говоря уже про слабый), но даже при таком, которому соответствует полностью безвариантный внутри себя участок последовательности, соответствует целых белков и соответственно и для сильного и слабого.

Откуда что получилось:

С помощью программы blastp нашел в банке Swiss-Prot предпологаемые гомологи белка GLPK_ECOLI.

Из них выбрал 4 наиболее вероятных ортологов

Получил файл с последовательностями белка GLPK_ECOLI и всех отобранных "ортологов" в формате FASTA, названия последовательностей представляют собой ID записей Swiss-Prot

С помощью программы muscle построил множественное выравнивание белка и его "ортологов".

Импортировал его в GeneDoc.

Выбрал консервативный фрагмент выравнивания длиной 15 а.о. для дальнейшего исследования.

Экспортировал фрагмент в HTML-формат.

Создал паттерны по множественному выравниванию и провел поиск по паттернам в банке данных Swiss-Prot

Рассмотрел выбранный фрагмент множественного выравнивания.

Создал паттерны и записал их в таблицу, см. выше.

Первый паттерн в точности является фрагментом последовательности GLPK_ECOLI.

Второй ("сильный") паттерн построен так, чтобы он распознавал все белки моей выборки

Третий ("слабый") паттерн создан на основе второго, требования к последовательности более мягкие.

Основные элементы синтаксиса паттернов:

o [ALK] — в данной позиции разрешены только остатки в квадратных скобках;

o Х(3) — интервал в 3 любых остатка;

o {WY} — запрет на остатки в фигурных скобках,

---

На главную страницу второго семестра

На главную

---

© Кузеванов Алексей,2005