|
Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU
(P02239) в SwissProt.
Параметры программы blastp:
1.
Учет
особенностей аминокислотного состава (Compositional
adjustments) - No adjustment (значение по умолчанию);
2.
Фильтрование
областей низкой сложности - да (значение по умолчанию, галочка);
3.
Максимальное
значение E-value - 10 (значение по умолчанию).
4.
Максимальное
количество находок (Number of
Descriptions) 1000.
Параметры лучших находок из бактерий и животных.
|
|
Кол-во
|
E-value лучшей находки
|
Название лучшей находки (ID )
|
Процент идентичности
|
Длина выравнивания
|
|
Всего находок
|
117
|
5*10-82
|
LGB1_LUPLU
|
100%
|
154
|
|
В бактериях (Bacteria)
|
36
|
1*10-6
|
HMP_RHIME
|
29%
|
117
|
|
В Escherichia coli K-12
|
нет
|
-
|
-
|
-
|
-
|
|
В животных(Metazoa)
|
26
|
2*10-6
|
NGB_BRARE
|
25%
|
141
|
|
В человеке
|
3
|
5,8
|
CRNL1_HUMAN
|
28%
|
78
|
Для кишечной палочки гомологов не обнаружено, но есть три гомолога для
человека.
Итерактивный поиск гомологов LGB1_LUPLU(P02239) в SwissProt
с помощью PSI-BLAST.
Параметры программы PSI-blastp:
1.
Нет учета особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments).
2.
Фильтрование областей низкой сложности есть (Low complexity).
3.
Максимальное значение E-value:
10.
4.
Максимальное число находок: 1000.
Результаты поиска.
|
Номер итерации
|
Бактерии
|
Животные
|
Характеристика
лучшей находки среди белков
|
|
Escherichia coli, K-12
|
Homo sapiens sapiens
|
|
Кол-во
|
Новые
|
Кол-во
|
Новые
|
Название
|
E-value
|
% идентичности
|
Длина
выравнивания
|
Название
|
E-value
|
% идентичности
|
Длина
выравнивания
|
|
1
|
21 (36)
|
-
|
5 (26)
|
-
|
-
|
-
|
-
|
-
|
CRNL1_HUMAN
|
5.8
|
28%
|
78
|
|
2
|
38 (50)
|
17
|
332 (673)
|
327
|
HMP_ECO57
|
1e-29
|
20%
|
148
|
NGB_HUMAN
|
2e-19
|
21%
|
143
|
|
3
|
38 (48)
|
-
|
879
|
547
|
HMP_ECO57
|
7e-28
|
20%
|
148
|
HBG2_HUMAN
|
4e-45
|
18%
|
150
|
|
4
|
38(52)
|
-
|
884
|
5
|
HMP_ECO57
|
8e-23
|
20%
|
143
|
HBE_HUMAN
|
7e-54
|
17%
|
154
|
|
5
|
38(52)
|
-
|
884
|
-
|
HMP_ECO57
|
2e-22
|
19%
|
143
|
HBE_HUMAN
|
7e-54
|
17%
|
154
|
1.Для решения каких задач нужно использовать PSI-BLAST?
PSI-BLAST нужно использовать для поиска далеких 1.Для решения каких задач нужно использовать PSI-BLAST?
PSI-BLAST нужно использовать для поиска далеких гомологов.
2.Что представляет собой первая итерация PSI-BLAST?
Первая итерация PSI-BLAST представляет собой выборку предположительных гомологов белка LGB1_LUPLU, полученную при тех же параметрах поиска в BLASTP.
3.Что удалось найти, по Вашему мнению, в результате упражнения №2?
В результате упражнения №2 мы получили гомологи белка LGB1_LUPLU. В том числе и гомологи из кишечной палочки, не найденые при поиске в BLASTP.
Для белков, найденных программой PSI-BLAST характерно связывание с кислородом.
4.Что происходило с "лучшими находками" на разных итерациях? Предложите объяснения.
Менялось количество найденных последовательностей, E-value лучшей находки, иногда и сама лучшая находка.
После просмотра результата создается новый профиль, на основе которого корректируются веса, что изменяет приоритет последовательность для программы.
|