Визуализация молекул в Jmol

Таблица. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре

№	Вторичная структура	Атом О	Атом N	Длина связи (A)	Угол связи C-O-N (°)
1	Альфа-спираль	[TYR]260:A	[TRP]264:A	2.97	148.7
2	Альфа-спираль	[ALA]263:A	[ARG]267:A	2.85	152.3
3	Альфа-спираль	[VAL]262:A	[LYS]266:A	2.79	163.0
4	Бета-тяж	[LEU]240:A	[GLY]211:A	2.86	147.4
5	Бета-тяж	[ALA]238:A	[ILE]209:A	2.92	154.6
6	Бета-тяж	[THR]207:A	[ALA]238:A	3.04	144.1

Альфа-спираль с водородными связями

Бета-тяж с водородными связями

Вывод

Средняя длина водородных связей для данной гидролазы (ID=3VIS) составляет 2,904A. А средний угол водородных связей (С-О-N) равен 151,68(3)°.

При том для альфа-спиралей средняя длина связей - 2,86A, тогда как для бета-тяжей она равна 2,94A. А средний угол водородных связей в альфа-спиралях составляет 154,(6)°, в то время как в бета-тяжах - 148,7°

Полученные данные согласуются с существующми предаствлениями о водородных связях, т.к. их средняя длина близка к 3A: "The mean donor-acceptor distances in protein secondary structure elements are close to 3.0 Å..."[1] А связи пусть и стремятся к 180°(углу, при котором сила связи была бы максимальна), но все равно не достигают его. Полученные значения оказываются меньше, из-за других взаимодействий с окружающими атомами, в результате чего конформация не с развернутым уголом становится более выгодной.

Я взяла белок из второй колонке (3VIS), а не из первой (4WFI), потому что у первого белка нет лиганда.