Для данного практикума было взято множественное выравнивание, полученное в реузльтате прошлого практикума "Изображение выравниваний".
Для начала зафиксируем, что в рамках данного задания будем считать блоком (критерии получены из словаря терминов на kodomo):
Вертикальных блоков, т.е. блоков в которых данные условия выполняются для всех последовательностей, в данном выравнивании найти не удалось, т.к. на необходимом расстоянии нет абсолютно консервативных или абсолютно функционально консервативных колонок.
Но есть пример блока из трех последовательностей (отмечен символом H). Для трех (2-4) последовательностей данный блок является вертикальным. Но при добавлении к нему 1ой или 5ой последовательности нарушается критерий вертикальног блока о проценте абсолютно консервативных позиций.
В данном блоке 5 из 11 абсолютно консервативных позиций (45,45%) И 1 ИЗ 11 абсолютно функционально консервативных позиций (9,09%).
Самый длинный участок выравнивания, не входящий в блоки отмечен символом Х. И в нем 496 геповых позиции, что составляет 66,58%.
С помошью программы consambig на kodomo получила консенсусную последовательность данного блока.
GIXXXAXXXLG
С помощью сервиса WEBLOGO получила LOGO данного блока.
Построила паттерн данного блока.
G-I-[TD]-[DA]-[YF]-A-[QC]-[DHR]-[LH]-L-G
Дабавила к данному выравниванию последовательность своего белка. Удалось получить 3 совпадения с абсолютно функционально консервативными блоками, что составляет 0,95% от всех позицей.
Построила выравнивание пяти заведомо негомологичных последовательностей белков. Для данного выравнивания не удалось найти ни вертикальных, ни частичных блоков хотя бы для трех последовательностей.
Самый длинный участок выравнивания, на котором не встречается никакие значительные совпадения, отмечен символом Х. И в нем 647 геповых позиции, что составляет 68,83%.
Страница находится в стадии разработки