В данном заднии я искала с помошью программы Blast белки гомологичные белку с идентификатором WP_015787089.1 (YP_003134604.1) из Saccharomonospora viridis DSM 43017 среди эукариот, т.к. поиск гомолог среди бактерий давал слишком много результатов.
Стратегию поиска можно посмотреть здесь.
В результате поиска было найдено 600 находок, из которых ни одна не гомоолгична исходному белку по всей длине (макисальное Query cover 64%, в то время как по критерию должно быть больше 70%).
| Параметр | Лучшая | Средняя | Худшая |
| Название находки | triacylglycerol lipase 1 [Emiliania huxleyi CCMP1516] | platelet-activating factor acetylhydrolase isoform X1 [Parus major] | S-formylglutathione hydrolase-like [Elephantulus edwardii] |
| Длина выравнивания | 192 | 103 | 149 |
| bit score | 79.7 bits(195) | 41.6 bits(96) | 36.2 bits(82) |
| % идентичных остатков | 66/201(33%) | 29/104(28%) | 35/150(23%) |
| % сходных остатков | 95/201(47%) | 46/104(44% | 55/150(36%) |
| E-value | 2e-14 | 0.22 | 10.0 |
| Выравнивание | fasta | fasta | fasta |
Множественное выравнивание последовательностей из полученной выборки
множественное выравнивание в формате fasta
множественное выравнивание в формате msf
В данном выравнивании и на N и на С конце есть не очень длинные невыровненные различающиеся участки.
Парные выравнивания данного белка и худшего из выборки
Глобальное, полученное из множественного
После выравния пар выравниваний между собой оказалось, что они очень хорошо совпадают, осбенно выравния полученные с поощью water и blast. Мнеьше всего совпадений удалось добиться по выравниванию, полученному из множественного.
Группа №1 - полученное с помошью needle,№2 - полученное из множественного, №3 - water, №4 - blast. Первый белок из пары - исходный, второй - худшая находка.
Выравнивания, полученные с помошью blast и water различаются в одном месте. На первом рисунке зелененьким подчеркнута отличающийся лейцин. А на втрором рисунке показано, что выравнивание, полученное с помощью water длинее.
 |  |
Построила парные выравния моего белка и заведомого негомологичного с индентификатором WP_024081295.1. И выравнивания очень сильно не совпадали. Построенное в water было сильно короче построенного в needle.
Страница находитсямв стадии разработки