Для построения филогенетического дерева были выбраны следующие бактерии отдела фирмикут:
| Название | Мнемоника |
| Bacillus anthracis | BACAN |
| Clostridium botulinum | CLOBA |
| Enterococcus faecalis | ENTFA |
| Finegoldia magna | FINM2 |
| Geobacillus kaustophilus | GEOKA |
| Lactobacillus acidophilus | LACAC |
| Listeria monocytogenes serovar 1/2a | LISMO |
| Staphylococcus aureus | STAAR |
((CLOBA,FINM2),((LACAC,ENTFM),(STAAR,(LISMO,(BACAN,GEOKA))));
Изображение дерева, полученное с помощью программы MEGA
Дерево содержит пять нетривиальных ветвей:
| Название | Мнемоника | Таксономия |
| Bacillus anthracis | BACAN | Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group |
| Clostridium botulinum | CLOBA | Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium |
| Enterococcus faecalis | ENTFA | Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Enterococcaceae; Enterococcus |
| Finegoldia magna | FINM2 | Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Tissierellia; Tissierellales; Peptoniphilaceae; Finegoldia |
| Geobacillus kaustophilus | GEOKA | Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus; Geobacillus thermoleovorans group |
| Lactobacillus acidophilus | LACAC | Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus |
| Listeria monocytogenes serovar 1/2a | LISMO | Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria; Listeria monocytogenes |
| Staphylococcus aureus | STAAR | Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus |
Получается, что первая нетривиальная ветвь {CLOBA,FINM2}VS{LACAC,ENTFM,STAAR,LISMO,BACAN,GEOKA} выделяет класс Bacilli, в котором представлено 6 бактерий. Оставшиеся 2 бактерии относятся к классам Clostridia и Tissierellia.
Вторая нетривиальная веть {CLOBA,FINM2,LACAC,ENTFM}VS{STAAR,LISMO,BACAN,GEOKA} выделяет в классе Bacilli отряд Bacillales, в котором представлено 4 бактерии. Оставшиеся 2 бактерии класса Bacilli относятся к отряду Lactobacillales.
Третья нетривиальная ветвь {CLOBA,FINM2,LACAC,ENTFM,STAAR}VS{LISMO,BACAN,GEOKA} не выделяет никакой систематической группы.
Четвертая нетривиальная веть {CLOBA,FINM2,LACAC,ENTFM,STAAR,LISMO}VS{BACAN,GEOKA} выделяет семейтво Bacillaceae, к которому принадлежат 2 бактерии. Оставшиеся 2 бактерии отряда Bacillales относятся к семействам Listeriaceae и Staphylococcaceae.
И пятая нетривиальная ветвь {LACAC,ENTFM}VS{CLOBA,FINM2,STAAR,LISMO,BACAN,GEOKA} выделяет в классе Bacilli отряд Lactobacillales, в котором представлено 2 бактерии.
Дерево, построенное методом Neighbor-Joining using % identity в JalView, было укоренено в среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP. Ниже представлены изображения (полученные программой MEGA7) до и после укоренения.
| |
| До укоренения | После укоренения |
Как можно видеть, укоренение произошло в одну и ту же точку, и деревья отличаются только длинами ветвей. Но это укоренение нельзя считать правильным, потому что группа LACAC не явяется корневой в реальном дереве.