Для построения филогенетического дерева бактерий из предыдущих трех практикумов использована последовательность РНК малой субъединицы рибосомы (16S rRNA).
| Название | Мнемоника |
| Bacillus anthracis | BACAN |
| Clostridium botulinum | CLOBA |
| Enterococcus faecalis | ENTFA |
| Finegoldia magna | FINM2 |
| Geobacillus kaustophilus | GEOKA |
| Lactobacillus acidophilus | LACAC |
| Listeria monocytogenes serovar 1/2a | LISMO |
| Staphylococcus aureus | STAAR |
Последовательность 16S рибосомальной РНК была взята из базы полных геномов NCBI, в папках с соответвующими названия бактерий из файлов с расширением .frn.
Полученные последовательности были выравнены с помощью программы Jalview. А дерево реконструировалось в программе MEGA7 с помощью алгоритма Maximum likelihood, ML (наибольшего правдоподобия).
Данное дерево значительно ближе к правильному, чем дерево, построенное на основании энолазы. Из пяти нетривиальных ветвей исходного дерева три восстановлены правильно.
Среди исследуемых бактерий с помощью blastp были найдены гомологи белка CLPX_BACSU. Для этого все протеомы данных бактерий были объеденены в одн файл с помощью команды: cat file1 >> file2 (которая добавляет содержимое файла file1 в конец файла file2). Реконструкция дерева проводилась в программе MEGA7 с помощью алгоритма Maximum likelihood, ML (наибольшего правдоподобия).
На данном дереве ортологами, к примеру, можно считать B0S2N5_FINM2 с Q5FKR6_LACAC и с HSLU_LISMO. Потому что они принадлежат к разным видам. А паралогами можно, к примеру, считать белки Q5FKR6 и HSLU из бактерии LACAC, или CLPи HSLU из бактерии STAAR.