Практикум №5. Работа с KEGG ORTHOLOGY

Для работы был выбран метаболический путь Ascorbate and aldarate metabolism (метаболизм аскорбата и альдарата).

Реакция R01757: L-Arabinose + NAD+ <=> L-Arabinono-1,4-lactone + NADH + H+
У данной реакции 2 ЕС: 1.1.1.46 и 1.1.1.376 (был выбран последний)
У ЕС (1.1.1.376) 2 ортологических ряда: K13873 и K19660 Ссылка на ортологические ряды
В ортологическом ряду K13873 51 ген, а в ряду K19660 14
В ортологическом ряду K13873 34 белка (UniProt), а в ряду K19660 10 белков (UniProt)
Белки ряда K13873 участвуют в 4 метаболических путях, и белки ряда K19660 участвуют в 4 метаболических путях
Белки ряда K13873 участвуют в 4 химических реакциях, и белки ряда K19660 участвуют в 4 химических реакциях

Рис1. Изображение метаболического пути (Reference Pathway). Синим отмечена выбранная реакция

С помощью идентификтаоров из базы данных Uniprot были получены последовательности белков из этих двух ортоологичных рядов, в которых названия последовательностей были изменены так, что они отражают к какому ряду относится белок. Потом было построено множественное выравнивание программой Muscle (в MEGA7). Оно было открыто в Jalview и покрашено методом Clustalx. ССылка на проект Jalview

Гомологичность белков в выравнивании

Рис2. Выравнивание белков ортологических рядов K13873 и K19660

Как можно видеть из выравнивания все белки из второго ортологического ряда K19660 очень плохо выравнились. Там сплошные гепы на местах консервативных блоков у белков первого ортологического ряда K13873. Соответственно говорить о наличии множественного выравнивания не приходится.

Филогенетическое дерево

В принципе можно было бы удалить все белки второго ортологического пути, и построить филогенетическое дерево белков первого ортологического пути (программой MEGA, методом Neighbor-Joining, со 100 бутстреп-репликами). Оно было бы построено на основании последовательности примерно в 300 аминокислот.

Рояль в загажнике вообщем то имеется, но на всяких пожарный приводить его я не буду, ибо зачем дерево белков одного ряда.