Практикум №6. Геномное окружение. База данных GO

Для данного практикума был взять белок CYC_BOVIN, т.к. белок выданный мне в первом семестре не выравнивался с помощью сервиса CDD (Conserved Domain Database).

Среди хитов для данного белка 2 относили его КОГам

Хит Cyc7

идентификатор COG: COG3474
e-value для отнесения белка к COG: 3.99e-54
интервал обнаружения COG в белке: 1-103 (из 105)
название COG: Cytochrome c2 (цитохром с2)
функциональная категория: Energy production and conversion (выработка и преобразование энергии)

Хит CccA

идентификатор COG: COG2010
e-value для отнесения белка к COG: 3.94e-04
интервал обнаружения COG в белке: 2-100 (из 105)
название COG: Cytochrome c, mono- and diheme variants (цитохром с, варианты с моно и ди гемом)
функциональная категория: Energy production and conversion (выработка и преобразование энергии)

Для дальнейшей работы использовалься COG3474, потому что e-value отнесения к нему было значительно меньше. С помощь STRING было получено геномное окружение исследуемого белка. Поиск проводился по последовательности в пределах организма Bos taurus, остальные параметры были по умолчанию.

Рис1. Граф всех взаимодействий CYCS

Узлы графа представляют собой белки (если для белка известна 3D структура, то узел большой с изображением этой структуры), а ребра графа представляют собой взамоотношения (связь) этих белков, притом цвет ребра отражает тип связи. К примеру, фиолетовые - экспериментально доказанные связи, голубые - связи по базам данных, слатовые - совместное упоминание, черные - совместная экспрессия.

Рис2. Интерпритация цветов ребер графа

Рис3. Табличная выдача типов взаимосвязей между белками

Рис4. Соседство генов

Рис5. Совместная встречаемость генов

Как мы можем видеть, на рис4. и рис5. не обнаруживается какой-то закономерности для соседства или совместной встречаемости с другими генами, поэтому можно сделать вывод, что характерного геномного окружения нет.

Отнесение белка Cytochrome c из Bos taurus к терминам GO

С помощью поиска BLAST в AmiGO был найден белок, который оказался в точности исследуемым. Относится к тому же организму, Expect = 4.8e-55, P = 4.8e-55, Identities = 105/105 (100%). выравнивание

Таблица терминов GO, отнесенных к белку с идентификатором P62894 цитохром с

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
biological process	GO:0006123	mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen	митохондриальный перенос электоронов цитохромом с на кислород	IBA
biological process	GO:0006122	mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c	митохондриальный перенос электроном коферментом Q восстановленным на цитохром с	IBA
biological process	GO:0043280	positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process	положительная регуляция цистеиновой эндопептидазной активности, вовлеченной в аптотические процессы	IBA
cellular component	GO:0005758	mitochondrial intermembrane space	митохондиальное межмембранное пространство	IBA
cellular component	GO:0070469	respiratory chain	дыхательная цепь	IEA
molecular function	GO:0009055	electron carrier activity	активность переносчика эелктронов	IEA
molecular function	GO:0020037	heme binding	связывание гема	IEA
molecular function	GO:0046872	metal ion binding	связывание ионов металла	IEA

Таблица кодов типа достоверности

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
IBA	Inferred from Biological aspect of Ancestor	Присваивается на основе терминов, относящихся к гену, с которого произошла транскрипция
IEA	Inferred from Electronic Annotation	Присваивается компьютером на основе схожести последовательностей, записей баз данных, ключевых слов