Для данного практикума использовалась оксидаза, анализируемая в практикумах этого семестра с PDB ID = 1w07.
Для определения вторичной структуры использовалась программа DSSP, устанновленная на kodomo как mkdssp.
Полученный файл 1w07_dssp.out, содержаший информацию о вторичных структурах (5ый столбец: Н - альфа спираль, Е - бета-лист) сравнивался с файлом PDB, где тоже есть информация о вторичных структурах (поля HELIX и SHEET).
Для сравнения были выбраны 4 структуры: альфа спираль маленькая (длиной 6), альфа спираль большая (длинной 36), бета-лист мальенький (из 2 цепей) и бета-лист больщой (из 5 цепей). Данные вторичные структуры представлены на Рис. 1. Сравнение границ этих вторичных структур, определенных DSSP и заданных в PDB представленно в таблице 1.
Рис 1. Структура 1w07 c прокрашенным элементами вторичной структуры: альфа-спираль 1 (синим), альфа-спираль 16 (зеленым), бета-лист АА (фиолетовым), бета-лист BD (оранджевым).
Таблица 1. Сравнение координат начала и конца элементов вторичной структуры.
| Элемент вторичной труткуры | Цепь | Координаты по PDB | Координаты по DSSP |
| Альфа-спираль 1 | A | 7 LEU --- 12 ASN | 8 ALA --- 11 ARG |
| Альфа-спираль 16 | A | 327 TYR --- 362 LEU | 328 LYS --- 361 ARG |
| Бета-лист АА | А | 133 GLY --- 136 ALA 185 HIS --- 194 THR 152 THR --- 155 LEU 161 GLU --- 165 HIS 247 VAL --- 250 PRO | 133 GLY --- 136 ALA 185 HIS --- 194 THR 152 THR --- 156 ASP 161 GLU --- 165 HIS 247 VAL --- 250 PRO |
| Бета-лист BD | B | 259 SER --- 261 VAL 267 TYR --- 269 PRO | 259 SER --- 261 VAL 267 TYR --- 269 PRO |
Как можно видеть из таблицы 1, бета-листы определяются более однозначно, чем альфа спирали. В случае бета-листов допущено всего одноразличие в одну аминокислоту в одной из цепей длинного бета-листа. А альфа-спирали обе укорочены на одну аимнокислоту с обоих сторон. Однако в целом показания сильно схожи, и эти различия могут быть связаны с договоренностью, стоит или нет включать концевые подвижные остатки.