Для данного практикума использовалась оксидаза, анализируемая в практикумах этого семестра с PDB ID = 1w07.
Рис 1. Структура оксидазы 1w07
Для поиска гидрофобных кластеров использовался online-сервис CluD
C порогом растояния 4.2 и порогом размера кластера 40 было получено 6 гидрофобных кластеров внутри белка, изображенных на рис. 2
Рис 2. Гидрофобные кластеры в оксидазе 1w07. Желтый - 134 атм, синий - 88 атм, розовый - 55 атм, красный - 53 атм, голубой - 47 атм, фиолетовый - 51 атм.
Как можно видеть на рис.2, 6 гидрофобных кластеров образуют 3 пары кластеров, что ожидаемо, с учетом того, что рассматриваемая оксидаза является гомодимером. При том желтый и синий кластер образованы множеством альфа-спиралей, составляющих основную часть белка, в то время как голубой и фиолетовый кластеры образованны бета-листами, составляющими некий визуальный блок на краю белка. А розовый и красный кластеры образуются в районе альфа-спиралей, которые заходят на другую субъединицу белка.
C порогом растояния 5.5 и порогом размера кластера 80 было получено 4 гидрофобных кластера между цепями белка, изображенных на рис. 3
Рис 3. Гидрофобные кластеры между цепями оксидазы 1w07. Красный -73 атм, розовый 86 - атм, синий - 86 атм, желтый - 96 атм.
Как и в первом случае эти 4 кластера образуют 2 пары, при том одна пара, розовый и желтый кластер, соотносится с последней парой, розовый и красный кластер из первого случая. Она показывает кластер между одной субъединицей белка и одной альфа-спиралью из другой субъединицы. А синий и красный кластер показывают гидрофобные взаимодействия в основной поверхности соприкосновения субъединиц А и В.