В данном практикуме надо было привести примеры следующихся ситуаций:
Была найдена структура Deposited: 2017-09-07 Released: 2018-09-19 с разрешением 0.77 Å, Sperm whale myoglobin swMb с PDB ID = 5YCE:
ATOM 1557 CA ALYS A 133 9.920 -1.412 -6.331 0.42 5.50 C ATOM 1558 CA BLYS A 133 10.129 -1.411 -6.242 0.58 5.71 C |
Была найдена структура с разрешением 3.2 Å human tRNA-dihydrouridine(20) synthase dsRBD in complex with a 22 nucleotide dsRNA с PDB ID = 5OC6
REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 465 MET A 337 REMARK 465 THR A 338 REMARK 465 SER A 339 REMARK 465 GLU A 340 REMARK 465 GLN A 341 REMARK 465 THR A 342 REMARK 465 GLY A 343 REMARK 465 GLU A 344 REMARK 465 PRO A 345 REMARK 465 ALA A 346 REMARK 465 GLU A 347 REMARK 465 ASP A 348 REMARK 465 THR A 349 REMARK 465 SER A 350 REMARK 465 LEU A 441 REMARK 465 GLY A 442 REMARK 465 GLU A 443 REMARK 465 GLU A 444 REMARK 465 SER A 445 REMARK 465 PRO A 446 REMARK 465 SER A 447 REMARK 465 LEU A 448 REMARK 465 HIS A 449 REMARK 465 LYS A 450 REMARK 465 HIS A 451 REMARK 465 HIS A 452 REMARK 465 HIS A 453 REMARK 465 HIS A 454 REMARK 465 HIS A 455 REMARK 465 HIS A 456 REMARK 470 REMARK 470 MISSING ATOM REMARK 470 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS (M=MODEL NUMBER; REMARK 470 RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; REMARK 470 I=INSERTION CODE): REMARK 470 M RES CSSEQI ATOMS REMARK 470 ARG A 361 CG CD NE CZ NH1 NH2 |
C PDB структурой белка связаны три последовательности: (1) последовательность природного белка из Uniprot; (2) последовательность белка, который кристаллизовали - он может отличаться наличием тэгов, и быть частью природного белка, например, доменом; (3) та часть последовательности (2), которую удалось кристаллизовать.
Была найдена структура с Sequence Features: Wild Type protein, Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core с PDB ID = 6BKB
В поле DBREF указывается кросс-референсы между текущей последовательностью и последовательностями других БД. Поле SEQADV показывает отличия последовательности данного pdb-файла, от последовательности, описанной в поле DBREF
DBREF 6BKB H 1 102 PDB 6BKB 6BKB 1 102 DBREF 6BKB H 103 216 UNP P0DOX5 IGG1_HUMAN 109 222 DBREF 6BKB E 412 481 UNP B9V0E2 B9V0E2_9HEPC 412 459 DBREF 6BKB E 486 568 UNP B9V0E2 B9V0E2_9HEPC 488 570 DBREF 6BKB E 598 645 UNP B9V0E2 B9V0E2_9HEPC 604 651 DBREF 6BKB L 1 104 PDB 6BKB 6BKB 1 104 DBREF 6BKB L 105 214 UNP Q6PIL8 Q6PIL8_HUMAN 127 236 SEQADV 6BKB GLY H 217 UNP P0DOX5 EXPRESSION TAG SEQADV 6BKB SER H 218 UNP P0DOX5 EXPRESSION TAG SEQADV 6BKB ASP E 448 UNP B9V0E2 ASN 448 ENGINEERED MUTATION SEQADV 6BKB GLY E 482 UNP B9V0E2 LINKER SEQADV 6BKB SER E 483 UNP B9V0E2 LINKER SEQADV 6BKB SER E 484 UNP B9V0E2 LINKER SEQADV 6BKB GLY E 485 UNP B9V0E2 LINKER SEQADV 6BKB GLY E 572 UNP B9V0E2 LINKER SEQADV 6BKB GLY E 573 UNP B9V0E2 LINKER SEQADV 6BKB PRO E 582 UNP B9V0E2 LINKER SEQADV 6BKB THR E 583 UNP B9V0E2 LINKER SEQADV 6BKB ASP E 584 UNP B9V0E2 LINKER SEQADV 6BKB GLY E 591 UNP B9V0E2 LINKER |
Была взята структура Crystal Structure of AnkG/GABARAP Complex с PDB ID = 6A9X. Худший В-фактор = 72.12, лучший В-фактор = 10.65
ATOM 269 CG2 VAL D 33 -2.052 30.865 115.445 1.00 10.65 C ATOM 696 CG PRO D 86 -1.591 37.339 131.123 1.00 72.12 C |