Получение информации из базы данных Pfam и ее анализ

Описание доменной структуры белка RUVA_ECOLI

Идентификатор Pfam	Сокращенное название	Полное название	Положение в последовательности (а.о.)
PF01330	RuvA_N	N-терминальный домен семейства RuvA	1-62
PF00633	HHH	Мотив "Спираль-шпилька-спираль"	63-92
PF00633	HHH	Мотив "Спираль-шпилька-спираль"	98-127
PF07499	RuvA_C	C-терминальный домен семейства RuvA	158-203

В базе данных Pfam доменная структура белка RUVA_ECOLI отображается следующим образом: на N-конце находится домен RuvA_N, отмеченный на схеме зеленым, затем следуют два домена типа HHH, изображенные в виде красных прямоугольников, и на С-конце расположен домен RUVA_C, отмеченный желтым. Идентификатор PDB — 1c7y

Описание семейства доменов, к которому принадлежит домен cNMP_binding

N-терминальный домен в семействе RuvA представлен структурой, принадлежащей к клану "OB-fold". Этот домен формирует зону контакта между субъединицами тетрамера. Клан содержит два или более семейства, которые имели общего эволюционного предка.

Таксон - - Количество белков с доменом PF01330 Растения 0 Эукариоты Грибы 0 Животные 0 Бактерии - - - 128 Археи - - - 0

Слева представлено распределение белков, содержащих исследуемый домен, по различным таксонам. Данный домен встречается только в бактериальных белках. Всего белков с доменом типа Ruva_N — 167. Этот домен всегда встречается вместе с С-концевым доменом типа Ruva_C. Часто характерно наличие между ними дуплицированного домена HHH. Дупликация и перестановка местами для этого домена не обнаружена.

Возврат на страницу второго семестра

© Yuminova Alina aka Melli, 2005