Метаболические пути. KEGG.

К заданию 1

Субстрат	O-сукцинил-L-гомосерин
Продукт	Гомосерин
Уравнение реакции	Succinyl-CoA + L-Homoserine <=> CoA + O-Succinyl-L-homoserine
Изображение реакции с помощью структурных формул	можно посмотреть здесь
Название фермента	гомосериновая O-сукцинилтрансфераза гомосериновая О-транссукцинилаза
Код фермента и его расшифровка	2.3.1.46 EC 2 - трансфераза. EC 2.3 переносит ацильные группы. Ферменты группы EC 2.3.1 переносит группы, отличные от аминоацильной.
Название метаболического пути	Предложены два метоболических пути:метаболизм метионина и метаболизм серы

В метаболизме серы гомосерин рассматривается как субстрат, затем, после образования О-сукцинил-L-гомосерина, образуется цистотионин.В данном метаболическом пути гомосерин не образуется, а приходит из других метаболических путей.

В метаболизме метионина реакция обратима. Гомосерин можно получит в результате реакций метаболического пути глицина, серина и треонина,а в пределах данного пути - из О-ацетил-L-гомосерина.В результате реакции можно получить цистотионин, оксибутаноат, L-гомоцистеин.

К упражнению 2

Рассматривался фрагментметаболизма цистеина

Сравним два фермента, участвующие в данной реакции:

Код	4.4.1.8	4.4.1.1
Название фермента	цистотионин бета-лиаза бета-цистотиаза цистеиновая лиаза	цистотионин гамма-лиаза гомосериновая дезаминаза гомосериновая дегидротаза цистеиновая десульфидаза гамма-цистатионаза цистеиновая лиаза
Класс фермента	Карбокси-сернистые лиазы	Карбокси-сернистые лиазы

Однако, странно говорить о том, что данные ферменты катализируют одну и ту же реакцию, если при более внимательном рассмотрении оказывается, что если субстраты частично совпадают (как совпадают один оптический изомер и рацемат), а основные продукты отличаются на одну (-CH2) группу(L-гомоцистеин и L-цистеин). Они имеют общий кофактор фосфат пиридоксала.Данные ферменты являются единственными предложенными ортологами друг друга и имеют общие мотивы.

Cравнение метаболических путей у разных организмов

Был рассмотрен биосинтез триптофана из хоризмата у E.coli K-12 и внутриклеточного паразита Rickettsia prowazekii.

Как указано на карте, у Е.соli имеются все ферменты для данной последовательности реакций, у Rickettsia prowazekii утрачена вся необходимая для данной реакции ферментативная система, что не удивительно, так как у большинства паразитов происходит адаптационная деградация систем органов и синтетических процессов, т.к.вещества, необходимые для жизни паразит получает от хозяина.