Филогенетическое дерево

В таблице 1 представлен список бактерий, выбранных для построения филогенетического дерева, содержащий их номенклатурное и мнемоническое названия.

Таблица 1. Номенклатурные и мнемонические названия выбранных бактерий

Название	Мнемоника
Escherichia coli	ECOLI
Pasteurella multocida	PASMU
Ralstonia solanacearum	RALSO
Burkholderia cenocepacia	BURCA
Rhizobium etli	RHIEC
Rhodobacter sphaeroides	RHOS4
Salmonella typhimurium	SALTY

Скобочная формула дерева
((((SALTY,ECOLI),PASMU),(RALSO,BURCA)),(RHIEC,RHOS4));

Рисунок 1. Изображение дерева

Ветви дерева

Нетривиальной называется ветвь, которая разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.
Дерево, представленное на рисунке 1, содержит следующий список нетривиальных ветвей:

1	(SALTY, ECOLI)	vs	(PASMU, RALSO, BURCA, RHIEC, RHOS4)
2	(SALTY, ECOLI, PASMU)	vs	(RALSO, BURCA, RHIEC, RHOS4)
3	(RALSO, BURCA)	vs	(SALTY, ECOLI, PASMU, RHIEC, RHOS4)
4	(RHIEC, RHOS4)	vs	(SALTY, ECOLI, PASMU, RALSO, BURCA)

Практикум 2

Реконструкция филогении

В таблице 1 показан список бактерий, использованных при выполнении практикума 1, и их таксономическое положение, полученное с помощью сервиса http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/

Таблица 1. Систематическое положение тобранных бактерий

Организм	Организация	Царство	Тип	Класс	Отряд	Семейство	Род и ниже
Rhizobium etli	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Alphaproteobacteria	Rhizobiales	Rhizobiaceae	Rhizobium/Agrobacterium group
Rhodobacter sphaeroides	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Alphaproteobacteria	Rhodobacterales	Rhodobacteraceae	Rhodobacter
Burkholderia cenocepacia	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Betaproteobacteria	Burkholderiales	Burkholderiaceae	Burkholderia
Ralstonia solanacearum	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Betaproteobacteria	Burkholderiales	Burkholderiaceae	Ralstonia
Escherichia coli	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Gammaproteobacteria	Enterobacterales	Enterobacteriaceae	Escherichia
Salmonella typhimurium	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Gammaproteobacteria	Enterobacterales	Enterobacteriaceae	Salmonella
Pasteurella multocida	cellular organisms	Bacteria	Proteobacteria	Gammaproteobacteria	Pasteurellales	Pasteurellaceae	Pasteurella

Нетривиальные ветви, объединенные в разные таксономические группы:

Ветвь	Таксономическая группа	Название
SALTY, ECOLI	Семейство	Enterobacteriaceae
RALSO, BURCA	Семейство	Burkholderiaceae
SALTY, ECOLI, PASMU	Класс	Gammaproteobacteria
RHIEC, RHOS4	Класс	Alphaproteobacteria
PASMU, RALSO, BURCA, RHIEC, RHOS4	Тип	Proteobacteria
SALTY, ECOLI, PASMU, RHIEC, RHOS4	Тип	Proteobacteria
RALSO, BURCA, RHIEC, RHOS4	Тип	Proteobacteria
SALTY, ECOLI, PASMU, RALSO, BURCA	Тип	Proteobacteria

К семестрам