Краткое описание семейства доменов с AC:PF00001
| Параметр | Значение | Комментарии |
|---|---|---|
| AC pfam | PF00001 | None |
| ID pfam | Short name: 7tm_1 | |
| #SEED | 63 | Число последовательностей в выравнивании SEED |
| #All | 408k | Число всех белков с доменом семейства |
| #SW | 2k | Число белков с доменом Swissprot |
| #architectures | 2483 | Число разных доменных архитектур. Преобладает архитектура PF00001 (единственный домен) - 375208 находок. Также распространена архитектура PF00001-PF00001 (10160 находок) |
| #3D | 1k | Число доменов с известной 3D структурой |
| Taxonomy | - | None |
| #eukaryota | 97k | None |
| #archaea | 450 | None |
| #bacteria | 145 | None |
Немного информации о родопсине.
Родопсин является основным зрительным пигментом. Присутсвует в палочках сетчатки глаза многих беспозвоночных и позвоночных животных. Пронизывает клеточную мембрану клетки и передает сигнал снаружи внутрь клетки. Присутствует у вирусов (881), но чаще встречается у клеточных организмов (410к), а именно эукариот (410к), среди которых чаще у кистеперых (182к) и лучеперых (114к) рыб.
Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой
| Доменная архитектура | Белок с указанной архитектурой |
|---|---|
| PF00001 | P04001 |
| PF13306 - PF13306 - PF00001 | P14763 |
Карта локального сходства показывает, что у этих последовательностей довольно много одинаковых участков: 90 - 120, 125 - 155, 170 - 200, 220 - 250, 255 - 275, 310 - 339
Интерпритация дотплота
Координаты домена родопсина в P04001: 71-322; координаты домена родопсина в P14763: 431-678 (судя по информации с InterPro).
Эту информацию подтверждает изображение с окна Graphic summary выдачи бласта для последовательностей белков. Циановым цветом изображена последовательность P04001, синим - P14763. Видно, что белок с архитектурой из единственного домена (родопсина) выровнялся на участке P04001, в котором предполагалось наличие домена родопсина.
E-value данного выравнивания 7.9e-10 т.е. оно достоверно.
Крупных инделей не наблюдается, а маленькие можно объяснить различием последовательностей доменов из разных архитектур.