Сравнительный анализ канонической ДНК и структуры 1g59
Исполнитель: Михаил Сучков
1. Характеристики A, B и Z форм ДНК
Данные получены на основе анализа файлов
| Параметр | A-форма | B-форма | Z-форма |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Rise), Å | 2.56 | 3.38 | 3.71 (ср.) |
| Число оснований на виток | 11.0 | 10.0 | 12.0 |
| Ширина большой бороздки, Å | 17.8 | 17.3 | 14.7 |
| Ширина малой бороздки, Å | 11.0 | 11.5 | 14.5 |
2. Исследование экспериментальной структуры 1g59 (цепи D, E, F)
Объект: Тимин (DT) в составе ДНК-РНК гибрида.
Ориентация атомов тимина
Для выбранного остатка тимина в структуре 1g59 определено:
- В сторону большой бороздки: атомы C4, O4, C5 (и метильная группа C7).
- В сторону малой бороздки: атомы O2, N3.
Торсионные углы тимина
| Угол | Значение (°) |
|---|---|
| alpha (α) | -172.4 |
| beta (β) | 171.1 |
| gamma (γ) | 48.9 |
| delta (δ) | 82.4 |
| chi (χ) | -162.1 |
Анализ: Угол delta (δ) = 82.4° и угол chi (χ) = -162.1° однозначно указывают на то, что нуклеотиды в структуре 1g59 (цепи D, E, F) находятся в конформации, максимально близкой к A-форме. Это объясняется тем, что данная структура является фрагментом РНК-содержащего комплекса, где А-подобная форма энергетически выгоднее.
3. Стекинг-взаимодействия
Анализ перекрывания пар оснований показал наличие сильного стекинга. Наибольшая площадь перекрывания наблюдается в шагах GG/CC (около 1.45 Ų).
Рисунок 1. Визуализация стекинг-взаимодействия.