Нуклеотидные банки данных

Выбор сборки генома эукариотического организма

Организм Saccharomyces cerevisiae S288C

На сайте NCBI Datasets было найденно 2 сборки и выбрана референсная Genome assembly R64

Xарактеристики выбранной сборки

Идентификатор GenBank	GCA_000146045.2
Идентификатор RefSeq	GCF_000146045.2
Уровень сборки геномa	Chromosome
Общий размер генома (п.н.)	12.1 Mb
Число фрагментов генома в сборке	17
Scaffold N50, Contig N50	924.4 kb, 924.4 kb
Scaffold L50, Contig L50	6, 6

Число фрагментов генома в сборке было получено командой grep ">" GCF_000146045.2_R64_genomic.fna | wc -l

Параметр N50 - это длина контига(скэффолда), для которого половина всех нуклеотидов сборки содержится в контигах(скэффолдах) такой же и большей длины. Параметр L50 - это наименьшее из возможных число контигов(скэффолдов), в которых содержится не меньше половины всех нуклеотидов сборки.

Знакомство с поисковыми системами ENA и NCBI

Выбранный белок - миозин (Myosin)

-	all	Homo sapiens
genomic DNA	15859	176
mRNA	184866	6120
RefSeq	164401	1078
GenBank	41032	5341

-	all	Homo sapiens
ENA genomic DNA	16350	217
mRNA	20179	5437