Uniprot Proteomes for Citrobacter tructae
Поиск протеома
Идентификатор RefSeq: GCF_004684345.1
Страница из базы NCBI Datasets Genome: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_004684345.1/
Идентификатор последней версии сборки INSDC: GCA_004684345.1
Был сделан поиск в UniProt Proteomes по ID INSDC. Запрос выглядел так: (genome_assembly:GCA_004684345.1). Был найден 1 протеом с ID UP000296284 и статусом: "Исключен (отложен для дальнейшего анализа)"(Excluded (delayed for further analysis))
Поиск и скачивание референсного протеома
При поиске по таксону того же вида (TaxID:2562449) референсный протеом найти не удалось, поэтому был произведен поиск по его родительскому (TaxID:544) и был найдено 5 референсных протеомов и выбран с Proteome ID: UP000001889
Запрос для поиска референсногопротеома для Citrobacter tructae: (proteome_type:1) AND (taxonomy_id:2562449)
Запрос для поиска референсногопротеома для Citrobacter: (proteome_type:1) AND (taxonomy_id:544)
ссылка для скачивания протеома
Команда для скачивания через bash:
curl -sL "https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=proteome:UP000001889" -o up000001889.gz
Оценка количества ферментов в протеоме
Всего в протеоме 4792 белка. Для подсчета количества белков, обладающих какой-либо ферментативной функцией, были использованы следующие методы:
На сайте UniProtKB через расширенный поиск.
Параметры расширенного поиска: Proteome ID: UP000001889 Catalytic activity: * Одним запросом: (proteome:UP000001889) AND (cc_catalytic_activity:*) было найдено 1035 фермента.
Поиск через bash и скачанный протеом
Поиск был произведен через конвейер: zgrep -e 'CATALYTIC ACTIVITY' -e '^SQ' UP000001889.swiss.gz | grep -A1 '^CC' | grep '^SQ' -c Было найдено 1035 ферментов, что соответствует поиску через расширенный поиск.
Анализ протеома консольными средствами
При помощи скрипта на языке програмирования Python были посчитаны pI белков и оформлена в виде таблицы:
Группа pI | Белков | % от общего |
---|---|---|
0-3 | 0 | 0.0% |
3-6 | 1,719 | 35.9% |
6-7 | 544 | 11.4% |
7-10 | 1,503 | 31.4% |
10-14 | 1,026 | 21.4% |