Выравнивание гомологичных белков

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha ACCA_ECOLI ACCA_BACSU 814.5 51.1 66 4.3 4
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 6PGD_ECOLI 6PGD_BACSU 1718 70 83.4 0.6 3
6-phosphogluconolactonase 6PGL_ECOLI 6PGL_BACSU 304.5 25.3 42 16.7 12
Локальное парное выравнивание гомологичных белков
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha ACCA_ECOLI ACCA_BACSU 823.5 53.8 69.6 1 2 100 99
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 6PGD_ECOLI 6PGD_BACSU 1719 70.1 83.6 0.6 3 99.6 99.8
6-phosphogluconolactonase 6PGL_ECOLI 6PGL_BACSU 317 30.6 48.7 6 6 95.1 98.9

Белки по всей длине негомологичны т.к. локальное выравнивание дает более высокий результат с большей идентичностью. Но есть гомологичные участки, т.к. локальное выравнивание показало довольно высокий процент идентичности: от 30% до 70%. По этим данным можно сказать, что локальное выравнивание информативно и показывает, что сохранились похожие участки.

Выравнивание негомологичных белков

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Aspartate aminotransferase/DNA-3-methyladenine glycosylase AAT_ECOLI 3MGA_BACSU 22.5 8.8 14.9 74.5 29 - -
Aspartate aminotransferase/DNA-3-methyladenine glycosylase AAT_ECOLI 3MGA_BACSU 37 35.7 42.9 46.4 1 53.6 1

В глобальном выравнивании были получены результаты того, что белки почти не схожи друг с другом и результаты совпадения - случайности, у локального выравнивания результат лучше, но все равно результат довольно низкий.

Множественное выравнивание белков

Мнемоника: ACCA_
Название белка: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha.
Нашлось 6067 белков, выбраны:
w:acca_bacsu
sw:acca_ecoli
sw:acca_burch
sw:acca_prom5
sw:acca_acibt
sw:acca_burvg
sw:acca_brasb

Далее было выполнено выравнивание через Muscle with Defaults, а результат был покрашен через Percentage Identity. Видно, что участки: с 10 по 19, с 69 по 81, с 90 по 108, с 135 по 151, с 164 по 189, с 202 по 213, с 227 по 242 являются довольно консервативными, имея всего несколько различий, а участок с 205 по 213 имеет всего 1 отличие. В целом выровнялось все хорошо, хотя белок ACCA_ACIBT имеет довольно много гэпов.

Скачать множественное_выравнивание_файл