Выравнивание гомологичных белков

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha	ACCA_ECOLI	ACCA_BACSU	814.5	51.1	66	4.3	4
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating	6PGD_ECOLI	6PGD_BACSU	1718	70	83.4	0.6	3
6-phosphogluconolactonase	6PGL_ECOLI	6PGL_BACSU	304.5	25.3	42	16.7	12

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha	ACCA_ECOLI	ACCA_BACSU	823.5	53.8	69.6	1	2	100	99
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating	6PGD_ECOLI	6PGD_BACSU	1719	70.1	83.6	0.6	3	99.6	99.8
6-phosphogluconolactonase	6PGL_ECOLI	6PGL_BACSU	317	30.6	48.7	6	6	95.1	98.9

Белки по всей длине негомологичны т.к. локальное выравнивание дает более высокий результат с большей идентичностью. Но есть гомологичные участки, т.к. локальное выравнивание показало довольно высокий процент идентичности: от 30% до 70%. По этим данным можно сказать, что локальное выравнивание информативно и показывает, что сохранились похожие участки.

Выравнивание негомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Aspartate aminotransferase/DNA-3-methyladenine glycosylase	AAT_ECOLI	3MGA_BACSU	22.5	8.8	14.9	74.5	29	-	-
Aspartate aminotransferase/DNA-3-methyladenine glycosylase	AAT_ECOLI	3MGA_BACSU	37	35.7	42.9	46.4	1	53.6	1

В глобальном выравнивании были получены результаты того, что белки почти не схожи друг с другом и результаты совпадения - случайности, у локального выравнивания результат лучше, но все равно результат довольно низкий.

Множественное выравнивание белков

Мнемоника: ACCA_
Название белка: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha.
Нашлось 6067 белков, выбраны:
w:acca_bacsu
sw:acca_ecoli
sw:acca_burch
sw:acca_prom5
sw:acca_acibt
sw:acca_burvg
sw:acca_brasb

Далее было выполнено выравнивание через Muscle with Defaults, а результат был покрашен через Percentage Identity. Видно, что участки: с 10 по 19, с 69 по 81, с 90 по 108, с 135 по 151, с 164 по 189, с 202 по 213, с 227 по 242 являются довольно консервативными, имея всего несколько различий, а участок с 205 по 213 имеет всего 1 отличие. В целом выровнялось все хорошо, хотя белок ACCA_ACIBT имеет довольно много гэпов.