Выравнивание гомологичных белков
Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 814.5 | 51.1 | 66 | 4.3 | 4 |
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1718 | 70 | 83.4 | 0.6 | 3 |
6-phosphogluconolactonase | 6PGL_ECOLI | 6PGL_BACSU | 304.5 | 25.3 | 42 | 16.7 | 12 |
Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 823.5 | 53.8 | 69.6 | 1 | 2 | 100 | 99 |
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1719 | 70.1 | 83.6 | 0.6 | 3 | 99.6 | 99.8 |
6-phosphogluconolactonase | 6PGL_ECOLI | 6PGL_BACSU | 317 | 30.6 | 48.7 | 6 | 6 | 95.1 | 98.9 |
Белки по всей длине негомологичны т.к. локальное выравнивание дает более высокий результат с большей идентичностью. Но есть гомологичные участки, т.к. локальное выравнивание показало довольно высокий процент идентичности: от 30% до 70%. По этим данным можно сказать, что локальное выравнивание информативно и показывает, что сохранились похожие участки.
Выравнивание негомологичных белков
Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Aspartate aminotransferase/DNA-3-methyladenine glycosylase | AAT_ECOLI | 3MGA_BACSU | 22.5 | 8.8 | 14.9 | 74.5 | 29 | - | - |
Aspartate aminotransferase/DNA-3-methyladenine glycosylase | AAT_ECOLI | 3MGA_BACSU | 37 | 35.7 | 42.9 | 46.4 | 1 | 53.6 | 1 |
В глобальном выравнивании были получены результаты того, что белки почти не схожи друг с другом и результаты совпадения - случайности, у локального выравнивания результат лучше, но все равно результат довольно низкий.
Множественное выравнивание белков
Мнемоника: ACCA_
Название белка: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha.
Нашлось 6067 белков, выбраны:
w:acca_bacsu
sw:acca_ecoli
sw:acca_burch
sw:acca_prom5
sw:acca_acibt
sw:acca_burvg
sw:acca_brasb
Далее было выполнено выравнивание через Muscle with Defaults, а результат был покрашен через Percentage Identity. Видно, что участки: с 10 по 19, с 69 по 81, с 90 по 108, с 135 по 151, с 164 по 189, с 202 по 213, с 227 по 242 являются довольно консервативными, имея всего несколько различий, а участок с 205 по 213 имеет всего 1 отличие. В целом выровнялось все хорошо, хотя белок ACCA_ACIBT имеет довольно много гэпов.