Филогенетическая реконструкция белка цитохрома B

1. Дерево по таксономии.

Рис 1. Дерево видов по таксономическанным данным NCBI.

2. Реконструкция программами FastME и IQ-TREE

Для оценки расстояний использовались две модели:

• p-distance:считает долю замененных аминокислот без учета специфики мутаций.
• MtREV:матрица замен для митохондриальных белков, учитывает специфику мутаций

Рис 2. Программа FastME. Алгоритм: Minimum Evolution. Модель: p-distance

Ошибки: Род Corvus реконструирован неверно - CORFR попал в одну группу с сойкой CYAST. В роду Pelecanoides пара PELMG и PELGE оказалась разделена другими видами.

Рис 3. Программа FastME. Алгоритм: Minimum Evolution. Модель: MtREV

Ошибки: Топология полностью совпадает с результатом p-distance. Смена модели не помогла исправить неточности в родах Corvus и Pelecanoides.

Реконструкция методом Maximum Likelihood

Рис 4. Программа IQ-TREE. Алгоритм: Maximum Likelihood. Модель: Auto

Анализ: Это дерево наиболее точно повторяет эталон. Оно правильно объединило воронов (CORCX и CORFR). В роду ныряющих буревестников оно верно восстановило ожидаемые пары видов: (PELGE + PELMG) и (PELGA + PELUR).

Выводы

Для белка CYB метод максимального правдоподобия в IQ-TREE показал лучший результат. Методы в FastME ошиблись в определении близости видов внутри родов, не сумев правильно сгруппировать пары в роду Pelecanoides и род Corvus.