Анализ дерева по гену 12S rRNA и проверка бутстрепом
1. Дерево по нуклеотидам (12S rRNA)
Для этого задания я взял последовательности гена 12S рибосомальной РНК. Дерево строилось программой FastME.
Рис 1. Дерево по 12S rRNA. Программа: FastME. Алгоритм: Minimum Evolution. Модель: p-distance. Укоренение: Danio rerio(outgroup)
Ошибки: На этом дереве сойка (CYAST) и райская птица (PARRA) объеденены в одну группу, хотя сойка ближе к Воронам. А ворон (CORCX) и грач (CORFR) оказались в разных кладах. Видно, что метод Minimum Evolution ошибается здесь точно так же, как и у белков.
2. Проверка надежности (Бутстреп)
Чтобы проверить, достоверность построения дерева, было проведено 100 реплик бутстрепа.
Рис 2. Дерево с числами бутстрепа. Программа: FastME. Реплик: 100
Разбор полученных данных:
- На ветке, где качурка (OCETE) объединилась с буревестником (PELUR), стоит ноль. Программа указывает на низкую достоверность ошибочно созданноц клады.
- В группе врановых цифры чуть выше, но программа также считает полученные данные слабодостоверными: ошибочная клада CYAST и PARRA стоит 3, а обьединение этой клады с CORCX вообще 0.
3. Укоренение
Чтобы укоренить дерево правильно. Была добавлена внешняя группа - костистая рыба Danio rerio (DANRE).
Результаты укоренения:
При добавлении рыбы в анализ она ожидаемо отделилась первой, образовав самую длинную ветку. Это подтвердило, что корень дерева птиц был выбран верно. Однако добавление внешней группы никак не исправило ошибки в родстве внутри семейств.
Вывод: укоренение по рыбе подтвердило правильное положение корня на наших деревьях, но само по себе оно не исправляет ошибки в родстве внутри семейств птиц.
Вывод: укоренение по рыбе подтвердило правильное положение корня на наших деревьях, но само по себе оно не исправляет ошибки в родстве внутри семейств птиц.