Сравнение предсказаний трансмембранных участков
1. Информация о выбранном белке
Общие сведения
Локализация и функция
- Мембрана: Внешняя ядерная мембрана
- Функция: Мультифункциональный белок, участвующий в механорецепции; играет важную роль в липидном обмене и дифференцировке адипоцитов.
Рис 1. Трехмерная структура димера TACAN (цепи A и B). Точками обозначены границы гидрофобного слоя мембраны. Красные точки - внешняя сторона, синие - внутренняя.
2. Результаты DeepTMHMM
Последовательность белка была взята из UniProt (Q9BXJ8). Для предсказания использовался алгоритм DeepTMHMM.
Рис 2. Вероятностный график топологии TACAN. Красным цветом выделены области мембранных спиралей, розовым - участки внутри, синим - снаружи.
Текстовый формат предсказания
MQPPPPGPLGDCLRDWEDLQQDFQNIQETHRLYRLKLEELTKLQNNCTSSITRQKKRLQELALALKKCKPSLPAEAEGAAQELENQMKERQGLFFDMEAYLPKKNGLYLSLVLGNVNVTLLSKQAKFAYKDEYEKFKLYLTIILILISFTCRFLLNSRVTDAAFNFLLVWYYCTLTIRESILINNGSRIKGWWVFHHYVSTFLSGVMLTWPDGLMYQKFRNQFLSFSMYQSFVQFLQYYYQSGCLYRLRALGERHTMDLTVEGFQSWMWRGLTFLLPFLFFGHFWQLFNALTLFNLAQDPQCKEWQVLMCGFPFLLLFLGNFFTTLRVVHHKFHSQRHGSKKD
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMOOOOOOMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMIIIIIIIMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMOOOOOOOOOOOMMMMMMMMMMMMMMMMMMIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMOOOOOOOOOOOMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMIIIIIIIIIIIIIIIII
3. Координаты ТМ-участков
Сравнение границ ТМ-спиралей по данным OPM и DeepTMHMM.
| № сегмента | OPM | DeepTMHMM | Разница границ (н/к аминокислот) |
|---|---|---|---|
| 1 | 136 - 154 | 136 - 156 | +2 на C-конце |
| 2 | 160 - 177 | 163 - 183 | +3 на N-конце, +6 на C-конце |
| 3 | 193 - 209 | 191 - 211 | -2 на N-конце, +2 на C-конце |
| 4 | 219 - 240 | 223 - 240 | +4 на N-конце |
| 5 | 270 - 294 | 274 - 294 | +4 на N-конце |
| 6 | 305 - 330 | 306 - 326 | +1 на N-конце, -4 на C-конце |
Сравнение данных
Сравнение методов
- Количество участков: Оба метода идентифицировали ровно 6 трансмембранных спиралей.
- Степень перекрывания: Все предсказанные участки полностью перекрываются с данными структурного анализа. Нет ни одного ТМ-сегмента, который отсутствовал в выдаче.
- Точность границ: Небольшие несовпадения в 2-4 аминокислоты в границах.
- Объяснение различий: OPM определяет границы на основе термодинамики встраивания в липидный бислой реальной структуры, в то время как DeepTMHMM основывается на статистических паттернах гидрофобности последовательности. Небольшие сдвиги типичны для теоретических предсказаний, особенно в пограничных областях, где аминокислоты могут иметь промежуточную гидрофобность.