Практикум 7 и 8
Введение
R)-2-гидроксиглутарил-КоА-дегидратаза - это фермент , катализирующий реакцию обратимой дегидратации своего субстрата до глутаконила-КоА . Он является системой, состоящей из 2 частей: активирующего компонента и дегидрирующего компонента. Этот фермент активируется с помощью АТФ, Mgcl2 и цитрата магния.[1]
Данный белок был выведен из Acidaminococcus fermentans - типового вида рода Acidaminococcus, который представляет собой грамотрицательную, неспорообразующую бактерию. Бактерия известна своим обитанием в желудочно-кишечном тракте и способностью окислять транс-аконитат. Выделена впервые была из пищеварительного тракта свиньи.[2]
Кластеры в UNIREF
ID:UniRef100_P11568
Size:3
Length:260
Name:(R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase
ID:UniRef90_P11568
Size:10
Length:260
Name:(R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase
ID:UniRef50_P11568
Size:769
Length:260
Name:(R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase
Выбор и скачивание протеомов.
В качестве протеома, который наилучшим образом будет описывать мою бактерию я выбрал UP000001902. Всего белков в протеоме 2016, среди которых всего 13 в Swiss-Prot. Согласно BUSCO, 96.8% белков полные; CPD стандартный.
В качестве контрольного я выбрал UP000007968. Это протеом бактерии Veillonella parvula, которая также, как и моя пренадлежит к Negativicutes.Всего белков в протеоме: 1843. BUSC0 : 96.3% полные белки. CPD стандартный.
Скачал я протеомы с помощью команд:
wget 'https://www.uniprot.org/uniprot/?query=proteome:UP000001902&format=txt&compress=yes' -O UP000001902.swiss.gz
wget 'https://www.uniprot.org/uniprot/?query=proteome:UP000007968&format=txt&compress=yes' -O UP000007968.swiss.gz
2. Сравнение протеомов по представленности определенных групп белков
Трансмембранные белки
Для нахождения доли трансмембранных белков я использовал следующие запросы :
keyword:"Transmembrane [KW-0812]" AND organism:"Acidaminococcus fermentans (strain ATCC 25085 / DSM 20731 / CCUG 9996 / CIP 106432 / VR4) [591001]" AND proteome:up000001902
Найдено 414 белков - 20.53% от всех белков.
keyword:"Transmembrane [KW-0812]" AND organism:"Veillonella parvula (strain ATCC 10790 / DSM 2008 / CCUG 5123 / JCM 12972 / NCTC 11810 / Te3) (Veillonella alcalescens) [479436]" AND proteome:up000007968
418 белков - 22.68% от всех белков.
Доли трансмембранных белков схожи.
Ферменты
Я использовал следующие запросы:
annotation:(type:"catalytic activity") AND organism:"Acidaminococcus fermentans (strain ATCC 25085 / DSM 20731 / CCUG 9996 / CIP 106432 / VR4) [591001]" AND proteome:up000001902
398 белков - 19.74%
annotation:(type:"catalytic activity") AND organism:"Veillonella parvula (strain ATCC 10790 / DSM 2008 / CCUG 5123 / JCM 12972 / NCTC 11810 / Te3) (Veillonella alcalescens) [479436]" AND proteome:up000007968
400 белков - 21.70%
Опять же доли схожи.
Гидролазы
Молекулярной функцией обоих белков является катализирование реакций гидролиза, потому я решил посмотреть этот признак.
keyword:hydrolase AND organism:"Acidaminococcus fermentans (strain ATCC 25085 / DSM 20731 / CCUG 9996 / CIP 106432 / VR4) [591001]" AND proteome:up000001902
209 - 10.36%
keyword:"Hydrolase [KW-0378]" AND organism:"Veillonella parvula (strain ATCC 10790 / DSM 2008 / CCUG 5123 / JCM 12972 / NCTC 11810 / Te3) (Veillonella alcalescens) [479436]" AND proteome:up000007968
151 - 8.19%
Сновы мы видим не сильно отличающиеся доли, в этом случае, гидролаз в протеомах, что связано с их близким родством.
3. Сравнение протеомов по
Я решил проверить все ли белки в данных протеомах начинаются с метионина. Для этого я использовал команды :
zcat UP000001902.swiss.gz | seqret -filter 'swiss::stdin:*[1:1]' | grep -v '^>' | sort | uniq -c
zcat UP000007968.swiss.gz | seqret -filter 'swiss::stdin:*[1:1]' | grep -v '^>' | sort | uniq -c
В первом протеоме все белки начинаются с метионина (2016/2016). Во втором все белки также начинаются с метионина (1843/1843)
Источники :
[1]U Müller 1 , W Buckel
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7607244/
[2]Chang, Yun-Juan; Pukall, Rüdiger; Saunders, Elizabeth; Lapidus, Alla; Copeland, Alex; Nolan, Matt; Glavina Del Rio, Tijana; Lucas, Susan; Chen, Feng; Tice, Hope; Cheng, Jan-Fang