Задание 1
В этом задании надо было изобразить A-, B- и Z-форму дуплекса ДНК. Для этого я использовал следующие команды:
fiber -a -seq=GATC -rep=5 gatc-a.pdb
fiber -b -seq=GATC -rep=5 gatc-b.pdb
fiber -z -seq=GC -rep=10 gc-z.pdb
Файлы можно скачать по ссылке A-форма B-форма Z-форма
Задание 2
Для анализа была выбрана B-форма ДНК.
В сторону большой бороздки обращены атомы с21.C4, с21.N4, с21.C5, с21.C6 - покрашены в красный
В сторону малой бороздки обращены атомы с21.N1, с21.C2, с21.O2, с21.N3 - покрашены в синий
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.02 | 42.78 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 16.81 (A10:A - 33:B) | 17.21 (A6:A - C32:B) | 18.3 (C4:A - C34:B) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 7.98 (A6:A - G29:B) | 11.69 (G9:A - C36:B) | 7.2 (G15:A - G29:B) |
Задание 3
Структура заданной тРНК выбла изучена с помощью команды:
find_pair -t 1f7u.pdb stdout | analyze
Результат можно просмотреть здесь
Координаты стеблей: [1-7,66-72], [49-53,61-65],[38-44,26-32],[10-13,22-25]
Неканонические пары:U5-G68, G49-U65, U55-G18, U36-U33, A38-C32, A44-G26, G16-U17.
Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру:U54-A58, U55-G18, G15-C48, G16-U17, G19-C56