Практикум №1. Построение филогенетического дерева.

Таб.1Отобранные бактерии
Название Мнемоника
Rubrobacter xylanophilus RUBXD
Corynebacterium diphtheriae CORDI
Corynebacterium efficiens COREF
Rhodococcus jostii RHOJR
Mycobacterium tuberculosis MYCTU
Mycobacterium leprae MYCLE
Mycolicibacterium vanbaalenii MYCVP
Bifidobacterium longum BIFLO

Скобочная формула

((((RHOJR,((MYCTU, MYCLE),MYCVP)),(CORDI,COREF)),BIFLO),RUBXD)

Изображение дерева

Письма мастера дзен Рис1. Изображение дерева

Нетривиальные ветви дерева

{MYCLE,MYCTU} против {MTCVP,CORDI,COREF,BIFLO,RUBXD,RHOJR}

{MYCLE,MYCTU,MTCVP} против {CORDI,COREF,BIFLO,RUBXD,RHOJR}

{MYCLE,MYCTU,MTCVP,RHOJR} против {CORDI,COREF,BIFLO,RUBXD}

{CORDI,COREF} против {MTCVP,BIFLO,RUBXD,RHOJR,MYCLE,MYCTU}

{MYCLE,MYCTU,MTCVP,RHOJR,CORDI,COREF} против {BIFLO,RUBXD}

Таблица таксонов бактерий

RUBXD cellular organisms Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Rubrobacteria Rubrobacterales Rubrobacteraceae Rubrobacter
BIFLO cellular organisms Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Bifidobacteriales Bifidobacteriaceae Bifidobacteriu
CORDI cellular organisms Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Mycobacteriales Corynebacteriaceae Corynebacteriu
COREF cellular organisms Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Mycobacteriales Corynebacteriaceae Corynebacteriu
RHOJR cellular organisms Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Mycobacteriales Nocardiaceae Rhodococcus
MYCTU cellular organisms Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Mycobacteriales Mycobacteriaceae Mycobacterium
MYCLE cellular organisms Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Mycobacteriales Mycobacteriaceae Mycobacterium
MYCVP cellular organisms Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Mycobacteriales Mycobacteriaceae Mycolicibacterium

Таксоны, соответствующие нетрививальным ветвям

{MYCLE,MYCTU} соответсвуют кладе Mycobacterium

{MYCLE,MYCTU,MTCVP} соответствует кладе Mycobacteriaceae

{MYCTU, MYCLE, MYCVP, RHOJR, COREF,CORDI} соответствует кладе Mycobacteriales

{CORDI,COREF} соответсвует кладе Corynebacteriaceae