На главную страницу

Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку TRUA_ECOLI

Веса аминокислотных замен

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока PseudoU_synth_1 из базы данных BLOCKS Данные были получены следующим образом: использовалась программа pairs_count.exe, которая подсчитала количества всех возможных пар аминокислот nab и общее количество пар N. Потом я посчитала с помощью Excel доли пар аминокислот в общем числе пар pab. Затем посчитала частоты встречаемости аминокислот qa. В конце я посчитала веса аминокислотных замен sab. Формулы, использованные при подсчете: pab=nab/N; qab=pab + (pab + pac + ..)/2; sab=2log2(pab/(2*qa*pb)); saa=2log2(paa/qa2)
Пара аминокислот nab
pab qab qab sab
I(Ile),I(Ile) nii=15271 pii=0,015555336 qi=0,066936024 qi=0,066936024 sii=3,6
I(Ile),L(Leu) nil=22127
pil=0,02253899 qi=0,066936024 ql=0,052512883 sil=3,4
I(Ile),K(Lys) nik=3963
pik=0,004036788 qi=0,066936024 qk=0,01246077 sik=2,5
Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS Вычисления производились аналогичным способом.
Пара аминокислот nab
pab qab qab sab
I(Ile),I(Ile) nii=2299008 pii=0,010031957 qi=0,054351542 qi=0,054351542 sii=3,5
I(Ile),L(Leu) nil=3810159
pil=0,016626019 qi=0,054351542 ql=0,090453664 sil=1,5
I(Ile),K(Lys) nik=819787
pik=0,003577225 qi=0,054351542 qk=0,051047761 sik=-1,3
Сравнение весов аминокислотных замен Первая выборка блока TRUA_ECOLI сделана из достаточного узкого семейства белков, по сравнению со второй. Вывод: точность зависит от объема исходных данных. А у блоков BLOSUM62 другая степень родства, следовательно расхождения в данных оправданы.

Веса замен распределяются следующим образом в порядке возрастания: вес замены аминокислоты на неродственную, затем на родственную, а потом на саму себя.

Пара аминокислот Блок PseudoU_synth_1 200 блоков BLOSUM62
I(Ile),I(Ile) 3,6 3,5 4
I(Ile),L(Leu) 3,4 1,5 2
I(Ile),K(Lys) 2,5 -1,3 -3

© Михайлова Татьяна, 2004