Изображение области связывания CAB с TRUA_ECOLI

 
Условные обозначения.

Розовым выделен мой лиганд.
Шариками обозначены атомы, 
вступающие во взаимодействие
(преимущественно это водородные связи)
Также присутствуют две ковалентные связи.

Метод.

С помощью скрипта я выделила 
аминокислоты, расположенные 
на расстоянии около 3Å.

Мой проект генно-инженерного эксперимента.

Список аминокислотных остатков цепи А, контактирующих с лигандом: Gly1019(A), Thr1020(A), Tyr1034(A), Ala1066(A), Ser1067(A), Glu1068(A), Thr1100(A), Asp1101(A), Glu3294(B)

Предложение замены аминокислотного остатка белка, которая может привести к потере способности связывания цепи А с лигандом: заменить Tyr1034(A) на аланин.

Предложение замены аминокислотного остатка белка, контактирующего с лигандом, но тем не менее, мало влияющая на способность связывания с лигандом: заменить Thr1020 на серин, но с оговоркой (см след. пункт))

Обоснование. Если заменить тирозин на аланин, то расстояние между Cb атомом углерода в лиганде будет слишком большим для образования ковалентной связи. Оговорка. Треонин отличается от серина только наличием CH3-группы, но ввиду того, что мне не было известно точное расположение OH-группы в серине, следовательно вероятность того, что OH-группа соединится с лигандом – 50%.