Классификация функций. Ферменты.

Расшифровка значения кода фермента EC 1.2.4.2.

1 - оксидоредуктазы (Oxidoreductases)
1.2 - Действуют на альдегидные или оксогруппы доноров. (Acting on the aldehyde or oxo group of donors)
1.2.4 - Дисульфид в качестве акцептора. (With a disulfide as acceptor)
1.2.4.2 - оксоглутарат дегидрогеназа (сукцинил-переносящий) (oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring))

Характеристики оксалоглутарат дегидрогеназы, предоставляемые ресурсом BRENDA

Ферментативная реакция, катализируемая ферментом:

Общее число ферментов с кодом 1.2.4.2 : 136

Ингибиторы

Активаторы

 ((+/-)-2-[4-((3-chloro-5-(trifluoromethyl)-
2-pyridyl)oxy)-phenoxy]propionic acid)

1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline
1-Methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine
1-Methyl-4-phenylpyridinium
1-oxo-3-carboxypropylphosphonic acid methyl ester
2-oxo-3-methyl-n-valeric acid
2-Oxo-3-methylpentanoate
2-Oxoglutarate
2-Oxoisohexanoate
2-Oxoisopentanoate
4-hydroxy-2-nonenal
7-(1-hydroxy-2-aminoethyl)-3,4-dihydro-5-
hydroxy-2H-1,4-benzothiazine-3-carboxylic acid

7-(2-aminoethyl)-3,4-dihydro-5-hydroxy-2H-1,
4-benzothiazine-3-carboxylic acid

Acetaldehyde
Arsenite
ATP
Ca2+
Cd2+
cis-Aconitate
Glutathione
Glyoxylate
H2O2
hypochlorous acid
Isoquinoline
K+
mono-N-chloramine
N-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline
N-methylisoquinolinium
N-n-propylisoquinolinium
Na+
Na2HPO4
Na2SO4
NAD+
NAD+
NADH
NADPH
NEM
NH4+
Oxalacetate
Pyridine-2,4-dicarboxylate
Pyridine-2,5-dicarboxylate
Pyruvate
salsolinol
Succinate
succinyl phosphonate
Succinyl-CoA
Tris-HCl
tryptamine-4,5-dione
Valproic acid
Zn2+

Acetyl-CoA
ADP
ADP
ADP
ADP
ADP
ADP
ADP
AMP
AMP
AMP
AMP
AMP
carbonyl cyanide p-trifluoromethoxyphenylhydrazone
Cys
Cys
Glutathione
GMP
GTP
NAD+
NADH
NADH
NH4+
Rotenone
Rotenone
Spermine
TDP
Thiamine diphosphate
Thiamine diphosphate
UDP
UTP

Ингибитор: 7-(1-hydroxy-2-aminoethyl)-3,4-dihydro-5-hydroxy-2H-1,4-benzothiazine-3-carboxylic acid

Активатор: NADH

Оптимальные значения рН - от 6,5 до 8

Болезни человека, так или иначе связанные с данным ферментом:
Нейродегенеративные заболевания (Neurodegenerative Diseases)
Билиарный первичный цирроз печени (Primary biliary cirrhosis)
Инфицирование сальмонеллой (Salmonella infections)
Туберкулез (Tuberculosis)

Cубъединичная структура, характерная для данного типа ферментов: Тетрамер (Acetobacter xylinum)

Пострансляционные модификации, характерные для данного типа ферментов: протеолитическая модификация (Bos taurus, Homo sapiens)

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов.

Посредством запроса в SRS:

"((([swissprot-AllText:*_Ecoli*] | [swissprot-AllText:*_Human*]) | [swissprot-AllText:*_Metja*]) & [swissprot-ECNumber:1.2.4.2*])

было найдено всего 2 фермента с кодом 1.2.4.2 из кишечной палочки Escherichia coli K-12 и человека, соответственно, но не из археи Methanococcus jannaschii. Для этих двух ферментов был установлен гомологичный домен Pfam - PF00676 :

ID фермента в Swiss-Prot Начало домена Конец домена

ODO1_ECOLI 205 528

ODO1_HUMAN 256 582

Для получения аминокислотных последовательностей доменов и определения их попарной идентичности был использован следующий скрипт:

extractseq sw:P0AFG3 ODO1_ecoli.fasta -regions '205-528'
extractseq sw:Q02218 ODO1_human.fasta -regions '256-582'
needle ODO1_ecoli.fasta ODO1_human.fasta ecoli_human.needle -gapopen 10.0 -gapextend 0.5

При выполнении команды в последней строчке вышеуказанного скрипта было получено следующее выравнивание двух аминокислотных последовательностей доменов :

Aligned_sequences: 2 # 1: ODO1_ECOLI # 2: ODO1_HUMAN # Matrix: EBLOSUM62 # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 334 # Identity: 145/334 (43.4%) # Similarity: 202/334 (60.5%) # Gaps: 17/334 ( 5.1%) # Score: 680.5

ODO1_ECOLI 1 SELTAAEGLERYLGAKFPGAKRFSLEGGDALIPMLKEMIRHAGNSGTREV 50 :.|..:...|.:|..|:...|||.|||.:.|||.||.:|..:..:|...| ODO1_HUMAN 1 ARLVRSTRFEEFLQRKWSSEKRFGLEGCEVLIPALKTIIDKSSENGVDYV 50 ODO1_ECOLI 51 VLGMAHRGRLNVLVNVLGKKPQDLFDEFAGK-HKEHLGTGDVKYHMGF-- 97 ::||.||||||||.||:.|:.:.:|.:|..| .....|:||||||:|. ODO1_HUMAN 51 IMGMPHRGRLNVLANVIRKELEQIFCQFDSKLEAADEGSGDVKYHLGMYH 100 ODO1_ECOLI 98 -SSDFQTDGGLVHLALAFNPSHLEIVSPVVIGSVRARLDRLDEPSSNKVL 146 ..:..||..:. |:|..||||||...|||:|..:|......:....||: ODO1_HUMAN 101 RRINRVTDRNIT-LSLVANPSHLEAADPVVMGKTKAEQFYCGDTEGKKVM 149 ODO1_ECOLI 147 PITIHGDAAVTGQGVVQETLNMSKARGYEVGGTVRIVINNQVGFTTSNPL 196 .|.:|||||..|||:|.||.::|....|...|||.:|:|||:|||| :|. ODO1_HUMAN 150 SILLHGDAAFAGQGIVYETFHLSDLPSYTTHGTVHVVVNNQIGFTT-DPR 198 ODO1_ECOLI 197 DARSTPYCTDIGKMVQAPIFHVNADDPEAVAFVTRLALDFRNTFKRDVFI 246 .|||:||.||:.::|.|||||||:||||||.:|.::|.::|:||.:||.: ODO1_HUMAN 199 MARSSPYPTDVARVVNAPIFHVNSDDPEAVMYVCKVAAEWRSTFHKDVVV 248 ODO1_ECOLI 247 DLVCYRRHGHNEADEPSATQPLMYQKIKKHPTPRKIYADKLEQEKVATLE 296 |||||||:||||.|||..||||||::|:|.....:.||:.|..:.|.... ODO1_HUMAN 249 DLVCYRRNGHNEMDEPMFTQPLMYKQIRKQKPVLQKYAELLVSQGVVNQP 298 ODO1_ECOLI 297 DATEMVNLYRDALDAGDCVVAEWRPMNM------ 324 :..|.::.| |.: |..|..|..:. ODO1_HUMAN 299 EYEEEISKY-DKI----CEEAFARSKDEKILHIK 327

Идентичность составляет 43.4%, этого вполне достаточно (>40%) чтобы говорить о том, что эти ферменты скорее всего выполняют схожие функции в рассматриваемых организмах несмотря на то, что эти организмы эволюционно достаточно далеко друг от друга (кишечная палочка и человек).

ID фермента в Swiss-Prot	Начало домена	Конец домена
ODO1_ECOLI	205	528
ODO1_HUMAN	256	582