Метаболические пути. KEGG.

Описание ферментативной реакции.

Субстрат: beta-D-glucose 6-phosphate (бета-D-глюкоза 6-фосфат)
Продукт: D-glucono-1,5-lactone 6-phosphate (D-глюконо-1,5-лактон 6-фосфат)
Уравнение реакции R02736(одна из 4-x найденных реакций): beta-D-Glucose 6-phosphate + NADP+ <=> D-Glucono-1,5-lactone 6-phosphate + NADPH + H+
Изображение реакции с помощью структурных формул:

Название фермента: NADP+ 1-oxoreductase (1-оксидоредуктаза)
Код фермента: EC 1.1.1.49. Расшифровка:
- EC 1 - Oxidoreductases (Оксидоредуктаза)
- EC 1.1 - Acting on the CH-OH group of donors (Взаимодействует с CH-OH группой донора)
- EC 1.1.1 - With NAD+ or NADP+ as acceptor (NAD+ или NADP+ в качестве акцептора)
- EC 1.1.1.49 - glucose-6-phosphate dehydrogenase (дегидрогеназа 6-фосфо-глюкозы)
Название метаболического пути: Pentose phosphate pathway (Пентофосфатный путь, rn00030) и Glutathione metabolism (Метаболизм глутатиона,rn00480)
Количество ортологов: 276
На приведенном ниже рисунке видно, что бета-D-глюкоза 6-фосфат в случае пути фосфата пентозы может быть получен одним путем: из альфа-глюкозы 6-фосфат. А продукт - D-глюконо-1,5-лактон 6-фосфат - далее может превратиться только в 6-фосфо-D-глюконат.

В случае же пути метаболизма глутатиона происходит цикл NADPH -> NADP+

Фрагмент метаболического пути, где два разных фермента катализируют одну и ту же реакцию.

Сравнение EC 2.4.2.8 и EC 3.2.2.12

EC 2.4.2.8	EC 3.2.2.12
Название: hypoxanthine phosphoribosyltransferase (гипоксамин фосфорибозилтрансфераза) IMP pyrophosphorylase; transphosphoribosidase; hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase; guanine phosphoribosyltransferase; GPRT; HPRT; guanosine 5'-phosphate pyrophosphorylase; IMP-GMP pyrophosphorylase; HGPRTase; 6-hydroxypurine phosphoribosyltransferase; 6-mercaptopurine phosphoribosyltransferase; GMP pyrophosphorylase; guanine-hypoxanthine phosphoribosyltransferase; guanosine phosphoribosyltransferase; guanylate pyrophosphorylase; guanylic pyrophosphorylase; inosinate pyrophosphorylase; inosine 5'-phosphate pyrophosphorylase; inosinic acid pyrophosphorylase; inosinic pyrophosphorylase; purine-6-thiol phosphoribosyltransferase	Название: inosinate nucleosidase (инозинат нуклеозидаза)
Класс: Transferases (Трансферазы) Glycosyltransferases (Гликозилтрансферазы) Pentosyltransferases (Пентозилтрансферазы)	Класс: Hydrolases (Гидролазы) Glycosidases (Гликозидазы) Hydrolysing N-glycosyl compounds (Гидролизирующие N-гликозил соединения)
Реакция: IMP + diphosphate = hypoxanthine + 5-phospho-alpha-D-ribose1-diphosphate	Реакция: 5'-inosinate + H2O = D-ribose 5-phosphate + hypoxanthine

Метаболический путь: Purine metabolism (Метаболизм пурина)	Метаболический путь: Purine metabolism (Метаболизм пурина)
Другие данные (Comment, Ortholog, Genes, Motif, Structures) - есть	Другие данные (Comment, Ortholog, Genes, Motif, Structures) - нет

Как видно ферменты совсем разные. Можно заметить, что первый фермент изучен намного лучше, скорее всего он более распространен, а второй встречается гораздо реже и у немногих организмов.

Сравнение метаболических путей у 2-х организмов.

Моим заданием было найти схемы реакций биосинтеза треонина из гомосерина (homoserine) у E.coli K-12 и облигатного внутриклеточного симбионта Buchnera aphidicola APS. В результате сравнения двух схем в данных двух организмах я не обнаружила отличий. В обоих случаях реакции невозможны без участия в них следующих ферментов: гомосерин киназы (homoserine kinase, 2.7.1.39) и треонин синтетазы (threonine synthase, 4.2.3.1) Путь называется: Глицин-, серин-, треониновый метаболизм.