Предсказание топологии мембранного белка EMRE_ECOLI.

Предсказание топологии почти вручную.

Был построен профиль гидрофобности белка EMRE_ECOLI. Данные для построения профиля получены с помощью программы pepwindow пакета EMBOSS. Используемый размер окна - 19 аминокислотных остатков. По графику были определены границы трансмембранных сегментов (см. под графиком)

Предсказание топологии с помощью наиболее популярной программы.

Предсказание осуществлялось программой TMNMM. Результирующий файл здесь. (Анализ графика на странице с профилем гидрофобности.)

Были размечены положения трансмембранных сегментов в последовательности с помощью программы GeneDoc. Вот что получилось. (уже исправленный мной вариант)

Выделение трансмембранных сегментов в 3D-структуре прототипа.

По идентификатору PDB 2f2m найдено описание трансмембранных сегментов EMRE_ECOLI в базе данных OPM (Orientations of Proteins in Membranes database).

Сравнение предсказанных топологий с описанием трансмембранных сегментов в 3D-структуре прототипа.

Сравнение 2-х предсказанных топологий и положения белка в мембране:

По профилю гидрофобности TMHMM

Всего предсказано (N) 76 86

Из них

А. По данным ОРМ находятся внутри мембраны 69 72

B.Остальные 7 14

C. Число непредсказанных остатков, которые по данным ОРМ находятся в мембране. 4 1

Точность предсказания, A/N 90,89% 83,72%

Сверхпредсказание, B/N 9,2% 16,2%

Недопредсказание, C/(L-N), где L-длина последовательности 11,76% 4,17%

По точности предсказания предсказание по TNHMM немного уступает предсказанию по профилю гидрофобности.

		По профилю гидрофобности	TMHMM
Всего предсказано (N)		76	86
Из них
	А. По данным ОРМ находятся внутри мембраны	69	72
	B.Остальные	7	14
C. Число непредсказанных остатков, которые по данным ОРМ находятся в мембране.		4	1
Точность предсказания, A/N		90,89%	83,72%
Сверхпредсказание, B/N		9,2%	16,2%
Недопредсказание, C/(L-N), где L-длина последовательности		11,76%	4,17%