В базе данных SRS получила выборки из Cricetidae, Xenopus, Homo sapiens, Chelonia mydas и Makaira nigricans, сохранила их в формате fasta.
Дальшейший отбор производился следующим образом: убирались белки того рода, в котором их представлено меньше всего. Получилась выборка из 64 белков.
Вот она
Был составлен список организмов выборки.
Далее c помощью программы Clustal W сделано выравнивание последовательностей, программой eprotdist создана матрица
расстояний, и по ней реконструировано дерево по алгоритму ближайших соседей (Neighbour-Joining).
Редактировалось деревцо
с помощью GeneMaster. Скобочная формула
На сервере NCBI
удалось получить таксономическое дерево, отредактированное потом в GeneMaster:
На рисунке названия белков внешней группы розового цвета:
На изображении филогенетического дерева паралоги обведены в фиолетовую рамку. Ортологи обведены салатовым.
Ортологи возникли из одного общего предка в процессе видообразования и, как правило, выполняющие одну и ту же функцию, поэтому их следует искать среди белков из разных организмов, расположенных близко друг от друга по дереву.
Паралоги возникли из одного общего предка в результате дупликации одного гена в одном организме и, как правило, выполняющие разные функции. Часто таким организмом бывает предшественник целой группы организмов (таксона), поэтому паралоги нужно искать среди белков одного организма, но расположенных в разных ветвях.