Реконструкция филогенетических деревьев

• Построение матрицы попарных расстояний

   10
TRUA_YERPE     0.00000  0.24255  0.24646  0.39568  0.44526  0.44503  0.52660  0.45727  0.44866  0.49048
TRUA_PHOLL     0.24255  0.00000  0.25600  0.41198  0.41925  0.45163  0.49022  0.50223  0.50733  0.48558
TRUA_ECOLI     0.24646  0.25600  0.00000  0.34684  0.39037  0.38441  0.49639  0.41002  0.42492  0.44321
TRUA_VIBCH     0.39568  0.41198  0.34684  0.00000  0.17379  0.29654  0.37328  0.41141  0.45715  0.44464
TRUA_VIBVU     0.44526  0.41925  0.39037  0.17379  0.00000  0.26267  0.32655  0.41072  0.47173  0.43116
TRUA_VIBF1     0.44503  0.45163  0.38441  0.29654  0.26267  0.00000  0.38610  0.42705  0.48373  0.46908
TRUA_PHOPR     0.52660  0.49022  0.49639  0.37328  0.32655  0.38610  0.00000  0.50008  0.50505  0.47975
TRUA_MANSM     0.45727  0.50223  0.41002  0.41141  0.41072  0.42705  0.50008  0.00000  0.24028  0.35338
TRUA_HAEIN     0.44866  0.50733  0.42492  0.45715  0.47173  0.48373  0.50505  0.24028  0.00000  0.33805
TRUA_HAEDU     0.49048  0.48558  0.44321  0.44464  0.43116  0.46908  0.47975  0.35338  0.33805  0.00000

• Реконcтрукция неукоренённого дерева методом Neighbor-Joining

Дерево.

        +-----TRUA_VIBCH
     +--6  
  +--7  +---TRUA_VIBVU
  !  !  
  !  +--------TRUA_VIBF1
  !  
--8------------TRUA_PHOPR
  !  
  !          +------TRUA_YERPE
  !       +--2  
  !  +----3  +------TRUA_PHOLL
  !  !    !  
  !  !    +-----TRUA_ECOLI
  +--5  
     !      +------TRUA_MANSM
     !   +--1  
     +---4  +-------TRUA_HAEIN
         !  
         +----------TRUA_HAEDU

Скобочная формула.

(((TRUA_VIBCH:0.09760,TRUA_VIBVU:0.07619):0.03793,TRUA_VIBF1:0.15478):0.00953,
TRUA_PHOPR:0.21867,(((TRUA_YERPE:0.12006,TRUA_PHOLL:0.12249):0.02776,
TRUA_ECOLI:0.10220):0.08738,((TRUA_MANSM:0.10986,TRUA_HAEIN:0.13042):0.05186,
TRUA_HAEDU:0.17372):0.07104):0.04966);

• Реконcтрукция укоренённого ультраметрического дерева методом UPGMA

Дерево.

             +------TRUA_YERPE
          +--3  
     +----4  +------TRUA_PHOLL
     !    !  
     !    +-------TRUA_ECOLI
     !  
  +--8         +----TRUA_VIBCH
  !  !     +---1  
  !  !  +--5   +----TRUA_VIBVU
  !  !  !  !  
  !  +--7  +--------TRUA_VIBF1
--9     !  
  !     +----------TRUA_PHOPR
  !  
  !      +------TRUA_MANSM
  !  +---2  
  +--6   +------TRUA_HAEIN
     !  
     +----------TRUA_HAEDU

Скобочная формула.

((((TRUA_YERPE:0.12127,TRUA_PHOLL:0.12127):0.00434,TRUA_ECOLI:0.12562):0.09120,
(((TRUA_VIBCH:0.08690,TRUA_VIBVU:0.08690):0.05291,TRUA_VIBF1:0.13980):0.04119,
TRUA_PHOPR:0.18099):0.03583):0.01321,((TRUA_MANSM:0.12014,
TRUA_HAEIN:0.12014):0.05272,TRUA_HAEDU:0.17286):0.05717);

Деревья, построеннные по NJ методу и по методу UPGMA, по топологии не отличаются друг от друга. Основное отличие заключаются в неукорененности NJ. Чтобы NJ дерево сделать максимально похожим на UPGMA, его надо укоренить в ветку между узлами 5 и 4 (нумерация приведена для NJ дерева)

© Михайлова Татьяна, 2004