Главная страница > Первый семестр > Общее описание 3D структуры

Описание пространственной структуры изомеризующего домена глюкозамин-6-фосфатсинтазы по данным банка PDB

Метод определения структуры: рентгеноструктурный анализ, разрешение 1.57 Å (по данным 1moq.ent)

Диаметр структуры составляет 66 Å (6.6x10^-9 м) или 0.0033 бактерий E.coli (расстояние измерено между атомами pro283.Cγ и ala538.Cβ, длина бактерии E.coli считалась равной 2 μм)

В состав комплекса 1moq входит участок полипептидной цепи GLMS_ECOLI — изомеризующий домен . С белком связаны следующие гетеромолекулы: глюкозамин-6-фосфат, 2-метил-2,4-пентандиол, натриевая соль N(этилсульфит)морфолина, ионы SO₄^2- и молекулы воды (рис. 1). RasMol-скрипт, позволяющий выявить гетеромолекулы в составе комплекса, представлен в листинге 1.

Рис. 1 Изомеризующий домен глюкозамин-6-фосфатсинтазы и связанные с ним гетеромолекулы, изображение получено с помощью RasMol. Полипептидная цепь показана в остовной модели (зеленый цвет), обозначены номера первого и последнего аминокислотных остатков. В толстой проволочной модели показаны гетеромолекулы.


BACKGROUND WHITE
SET FONTSIZE 10
SET FONTSTROKE 1
COLOR CPK
RESTRICT NONE
ZOOM 150
SELECT PROTEIN
TRACE 40
COLOR BLUE
SELECT HETERO AND NOT(WATER)
WIREFRAME 100
COLOR CPK
SELECT GLP.O1
LABEL GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE
SELECT MES.O1S
LABEL N-(ETHYLSULFITE)MORPHOLINE
SELECT MPD.O2
LABEL 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
SELECT [SO4] AND *.S
LABEL SULFATE ION
SELECT NA
LABEL NA
SELECT LYS423.CA
LABEL ISOMERASE DOMAIN OF
GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE SYNTHAZE

Листинг 1. RasMol-скрипт, позволяющий выявить гетеромолекулы в составе комплекса 1moq