Главная страница > Второй семестр > Отчет по работе с БД InterPro

Отчет по работе с базой данных InterPro

Описание документа InterPro

Для описания выбран документ InterPro IPR000583 (глутаминамидотрансфераза II класса), содержащий две подписи, которым соответствуют 1924 белка. Данные документа приведены ниже:

Идентификатор документа: IPR000583

Полное название документа: Glutamine amidotransferase, class-II (глутаминамидотрансфераза II класса)

Общее количество белков, в которых обнаружен данный домен: 1924

Документ находится в отношениях вложенности (found in) со следующими записями базы данных InterPro:

IPR005854 Amidophosphoribosyl transferase

IPR005855 Glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerising

IPR006426 Asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing

IPR012075 Glutamate synthase, large subunit region 1 and 3, putative

IPR012375 Glutamate synthase, large subunit region 1 amidotransferase, putative

Кроме приведенной выше информации документ содержит следующие сведения:

Соответствие записям баз данных Pfam и PROSITE

Тип документа: домен

Краткое описание домена (в том числе его функций)

Встречаемость домена в различных систематических группах

Перекрывание с другими документами InterPro

Схемы некоторых белков, содержащих данный домен

Публикации, касающиеся домена

Описание подписей в белке GLMS_ECOLI, собранных в базе данных InterPro

Все подписи в белке GLMS_ECOLI изображены на рис. 1. Информацию о подписях см. в табл. 1.

Рис. 1. Изображение подписей в белке GLMS_ECOLI (по данным InterPro).

Табл. 1. Информация о подписях в белке GLMS_ECOLI. Информация взята с сайта InterPro
и сайтов следующих организаций: Sanger Institute, SIB, TIGR.

Название подписи	Положение в последовательности GLMS_ECOLI	Полное название базы данных	Название организации, поддерживающей базу данных	Страна и город
GATase_2	1 — 193	Pfam	Wellcome Trust Sanger Institute	Великобритания, Кембридж
GATASE_TYPE_II	1 — 5	PROSITE	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
SIS	286 — 421 458 — 594	Pfam	Wellcome Trust Sanger Institute	Великобритания, Кембридж
glmS	1 — 608	TIGRFAM	The Institute for Genomic Research	США, Роквилл