Гомология и выравнивания

Семейство доменов Prokaryotic RING finger family 1

Семейство было выбрано вслепую, в соответствии с желательными ограничениями.
ID: Prok-RING_1, AC:PF14446. Белки данного семейства играют роль в системе убиквитинирования [1].

Общее число последовательностей (full): 123, число последовательностей в выравнивании (seed): 22.

Число доменных архитектур: 15.
Были выбраны: Prok-RING_1, DUF2628 - 48 белков и Prok-RING_1 - 46 белков.

Белков с известной 3D структурой нет.

Домены характерны для всех 3 суперцарствах, но сильнее распространены среди бактерий: Archae (3 последовательности), Bacteria (111 последовательнотей), Eukaryota (9 последовательностей).

HMM профиль был создан 20 октября 2021 года, содержит 54 позиции.

Карта локального сходства белков с разной доменной архитектурой

Были выбраны белок R7A710_9FIRM с доменной архитектурой Prok-RING_1, DUF2628 - 48 и белок R7NJ19_9FIRM с доменной архитектурой Prok-RING_1.

Карта локального сходства:

dot_plot

До 90 аминокислоты белка R7NJ19_9FIRM (ось X) последовательности выровнены хорошо, имеется небольшая инсерция или делеция. До 67 аминокислоты доменная архитектура совпадает, далее идет междоменный участок, который судя по выравниванию у этих белков похож.
Потом произошла большая инсерция или делеция (26 аминокислот). И далее вплоть до позиции 316 доменная архитектура не совпадает, но последовательности все равно похожи, так как белки видимо гомологичны.
C 333 оба белка имеют трансмембранный участок и выровнены хорошо.

Доменная архитектура белков R7A710_9FIRM и R7NJ19_9FIRM соответственно:

белок1 белок2

Выделение двух подгрупп доменов на основании сходства

Было скачано выравнивание всех последовательностей данного семейства (full) и удалены последовательности с порогом идентичности 90%.

Далее было построено филогенетическое дерево и выбраны две наиболее крупные группы, в проекте первая - голубого, а вторая - красного цвета, ссылка на проект Jalview

Различия:

Таблица со всеми белками из Uniprot

Таблица доступна по ссылке.

Источники

1. Burroughs AM, Iyer LM, Aravind L;, Mol Biosyst. 2011;7:2261-2277.: Functional diversification of the RING finger and other binuclear treble clef domains in prokaryotes and the early evolution of the ubiquitin system. PUBMED:21547297 EPMC:21547297