Глобальное парное выравнивание

Были выбраны мнемоники MURQ, KGUA, OGT. Результаты:

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase	MURQ_ECOLI	MURQ_BACSU	736	46.4	65.1	6	2
Guanylate kinase	KGUA_ECOLI	KGUA_BACSU	401.5	41.0	58.1	9	4
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase	OGT_ECOLI	OGT_BACSU	251.5	34.6	48.6	22	7

Локальное парное выравнивание

Результаты для этих же белков:

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase	MURQ_ECOLI	MURQ_BACSU	739	47.6	66.9	0	0	99.3	97.4
Guanylate kinase	KGUA_ECOLI	KGUA_BACSU	408.5	42.8	60.7	5	2	96.1	97.0
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase	OGT_ECOLI	OGT_BACSU	270.5	38.3	53.7	18	5	91.2	90.9

Выравнивание неродственных белков

Были выбраны белки ELFC_ECOLI и SP2D_BACSU. Результаты глобального и локального выравнивания:

ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
ELFC_ECOLI	SP2D_BACSU	52	7.0	11.8	735	21
ELFC_ECOLI	SP2D_BACSU	73	19.5	32.2	87	15	33.1	82.8

По низкому проценту идентичности и весу видно, что белки негомологичные. Такое большое количество гэпов связано с разной длиной белков.

Множественное выравнивание

Была выбрана мнемоника MURQ, полное имя белка - N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase. Всего таких белков нашлось 198. Были выбраны MURQ: ECOLI, BACSU, SHIFL, PHOLL, YERPY, SALDC, AGRRK.

Для создания выравнивания использовалась программа Jalview, cсылка на проект.

Белки выровнялись хорошо, явно видна структура выравнивания, можно выделить следующие консервативные участки: 69-74, 76-84, 86-94, 102-109, 116-122, 143-154, 160-161, 172-175, 191-194, 197-199, 205-209, 212-214, 224-226, 229-234, 240-241, 274-275. Белок MURQ_BACSU чаще других имеет замены в консервативных участках. Несмотря на это, мне кажется, что все белки являются гомологичными.