A- и В- формы ДНК. Структура РНК
Задание 1
С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены модели структур ДНК. A- и B-форма - 5 раз повторенная последовательность 'gatc', Z-форма - 10 раз повторенная последовательность 'gc'.
Задание 2
Для анализа был выбран 27 тимин в B-форме ДНК. С помощью программы Jmol было определено куда обращены атомы азотистого основания, для создания Рис.1 использовалась программа MarvinSketch.
В сторону большой бороздки обращены атомы t27.c4, t27.o4, t27.c5, t27.c6, t27.c7 (на рис.1 обозначены красным цветом)
В сторону малой бороздки обращены атомы t27.n1, t27.c2, t27.o2, t27.n3 (на рис.1 обозначены красным цветом)
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали(ангстрем) | 28 | 33.8 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 16.8 (C12.P(A) - T31.P(B)) | 17.2 (A10.P(A) - C28.P(B)) | 16.1 (C8.P(A) - C32.P(B)) |
| Ширина малой бороздки | 8 (A6.P(A) - G29.P(B)) | 11.7 (C8.P(A) - G37.P(B)) | 8.7 (G9.P(A) - G37.P(B)) |
Задание 3
Идентификатор PDB исследуемой т-РНК - 1gts. Для анализа структуры были использованы программы find_pair и analyze пакета 3DNA. Значения торсионных углов, информация о водородных связях и стекинг-взаимодействиях представлена в файле.
Исходя из значения торсионных углов структура данной тРНК больше всего похожа на A-форму ДНК.
Водородные связи
2-7 : 71-66
49-53 : 65-61
37-44 : 33-26
10-12 : 25-23
Неканонические пары:
54U-58A
55U-18G
37A-33U
38U-32U
44C-26A
13A-45A
14A-8U
15G-48C
Стабилизирующие пары:
54U-58A
55U-18G
13A-45A
14A-8U
15G-48C
19G-56C
Стекинг-взаимодействия
Также между двумя поседовательными парами азотистых оснований были найдены стекинг-взаимодействия с наибольшей - 11 GU/AC (11.38) и наименьшей ненулевой - 21 CG/CA (1.74) площадью перекрывания, и получены их изображения:
