Нуклеотидные банки данных
Выбор качественной сборки генома
При запросе "Actiniaria (sea anemones)" в NCBI было найдено 23 геномных сборок. Была выбрана геномная сборка, принадлежащая вышеупомянутому организму и отвечающая необходимым требованиям:
1. Имеет аннотированные гены
2. Является референсной - это значит, что она высокого качества и определена как стандарт, с которым сравниваются другие сборки в кладе.

Характеристика выбранной сборки
Далее представлены основные параметры сборки:
Идентификатор GenBank | GCA_932526225.1 |
Идентификатор RefSeq | GCF_932526225.1 |
Общий размер генома | 269.4 Mb |
Scaffold N50 | 17.9 Mb |
Scaffold L50 | 7 |
Conting N50 | 2.9 Mb |
Conting L50 | 25 |
.
N50 - максимальная длина континга, такая, что сумма длин больших или равных контигов равна половине размера генома.
L50 - минимальное количество контигов, сумма длин которых равна половине размера генома.
Скачивание необходимых файлов
Далее через NCBI FTP были скачаны необходимые файлы:
1. Нуклеотидная последовательность генома (GCF_932526225.1_jaNemVect1.1_genomic.fna.gz)
2. Последовательность белков (GCF_932526225.1_jaNemVect1.1_protein.faa.gz)
3. Последовательность генома с аннотацией (GCF_932526225.1_jaNemVect1.1_genomic.gbff.gz)
Источники
1. Al-Shaer, Layla & Havrilak, Jamie & Layden, Michael. (2021). Nematostella vectensis as a Model System. 10.1201/9781003217503-7.