Практикум 1-2. Филогенетическое дерево

Отобранные бактерии

Для построения дерева были отобраны восемь бактерий, с помощью сервиса NCBI Taxonomy была найдена информация о таксономи. Все бактерии относятся к кладе Terrabacteria group и типу Actinomycetota.

Таблица 1. Мнемоники и таксономия бактерий

Название	Мнемоника	Класс	Порядок	Семейство	Род
Streptomyces avermitilis	STRAW	Actinomycetes	Kitasatosporales	Streptomycetaceae	Streptomyces
Acidothermus cellulolyticus	ACIC1	Actinomycetes	Acidothermales	Acidothermaceae	Acidothermus
Nocardioides sp.	NOCSJ	Actinomycetes	Propionibacteriales	Nocardioidaceae	Nocardioides
Arthrobacter sp.	ARTS2	Actinomycetes	Micrococcales	Micrococcaceae	Arthrobacter
Bifidobacterium longum	BIFLO	Actinomycetes	Bifidobacteriales	Bifidobacteriaceae	Bifidobacterium
Mycobacterium leprae	MYCLE	Actinomycetes	Mycobacteriales	Mycobacteriaceae	Mycobacterium
Rhodococcus jostii	RHOJR	Actinomycetes	Mycobacteriales	Nocardiaceae	Rhodococcus
Rubrobacter xylanophilus	RUBXD	Rubrobacteria	Rubrobacterales	Rubrobacteraceae	Rubrobacter

Скобочная формула дерева

(((((STRAW, ACIC1), NOCSJ), (ARTS2, BIFLO)), (MYCLE, RHOJR)), RUBXD)

Изображение дерева

С помощью сервиса ITOL было построено дерево:

Ветви дерева

Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:

1. {STRAW, ACIC1} против {NOCSJ, ARTS2, BIFLO, MYCLE, RHOJR, RUBXD}
2. {STRAW, ACIC1, NOCSJ} против {ARTS2, BIFLO, MYCLE, RHOJR, RUBXD}
3. {STRAW, ACIC1, NOCSJ, ARTS2, BIFLO} против {MYCLE, RHOJR, RUBXD}
4. {ARTS2, BIFLO} против {STRAW, ACIC1, NOCSJ, MYCLE, RHOJR, RUBXD}
5. {MYCLE, RHOJR} против {STRAW, ACIC1, NOCSJ, ARTS2, BIFLO, RUBXD} - соответствует порядку Mycobacteriales