Базы данных

В этом практикуме для анализа мне достались следующие гены.

Reactome

Для того чтобы посмотреть в каких биологических процессах участвуют данные белки я воспользовалась базой Reactome. Вот что получилось:
vitamin
amino acid
reactome
Рис. 1.Выдача reactome

Данные белки участвуют в метаболизме фолиевой кислоты и птерина, витаминов и некоторых аминокислот. Несколько белков задействованы в синтезе кофактора молибдена, а DHFR упомянается в переходе от G1 к S фазе клеточного цикла, так как принимает участие в синтезе нуклеиновых кислот.

STRING

С помощью базы STRING я решила посмотреть, связаны ли между собой данные белки:

string
Рис. 2. Результаты поиска в STRING
Синим цветом показаны взаимодействия из курируемых баз даных, фиолетовым - экспериментально подтверждённые. Связи на основе упоминания в одной статье я решила убрать, чтобы не перегружать картинку. Видно, что отдельно находится белок PRPF31 (участвует в сплайсинге), и белки MOCS1, MOCS2, GPHN (синтез кофактора молибдена). Остальные белки между собой связаны.

The Human Protein Altas

Используя The Human Protein Altas я решила побольше узнать о белке DHFR - ключевом ферменте в синтезе фолатов.
expression
Рис. 3.Уровень экспрессии DHFR в разных органах
expression
Рис. 4.Локализация DHFR

Можно заметить, что белок экспрессируется во всех органах, и локализован в митохондрии.