Практикум 7. Сигналы и мотивы - 2

Подготовка данных

Для выполнения практикума был выбрана референсная сборка GCF_000758725.1 генома Paenibacillus odorifer. С помощью сервиса Operon-mapper был получен список оперонов. Далее с использованием скрипта Георгия Муравьева был составлен список координат промоторов (промотором считалась область 100 нуклеотидов перед началом оперона) и получены три файла: для обучения, тестирования и негативного контроля.

Запуск MEME

Для запуска использовался локальный MEME: 

meme housekeeping.fasta -dna -nmotifs 3 -minw 6 -maxw 50
В результате было найдено 3 мотива:
logo1
Рис. 1. LOGO 1-ой находки, e-value 2.5e-071
logo2
Рис. 2. LOGO 2-ой находки, e-value 1.1e-017
logo3
Рис. 3. LOGO 3-ой находки, e-value 1.4e-001

Для дальнейшей работы был выбран 1-й мотив, так как он похож на последовательность Шайна - Дальгарно и имеет минимальный e-value.

Поиск сигнала в материале для тестирования с помощью FIMO

С помощью FIMO мотив был найден в положительном и отрицательном контроле: 

fimo --norc -motif HWTTCCTCCHYWW -thresh 0.001 meme.txt promotors.fasta
fimo --norc -motif HWTTCCTCCHYWW -thresh 0.001 meme.txt negative.fasta
Для положительного было получено 2276 находок (37,6%), для отрицательного - 81 (15,7%). Видно, что в промоторной области данный мотив встречается чаще.