Выравнивание последовательностей

  1. Глобальное парное выравнивание

    2. Таблица 1.
    Protein name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
    Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta ACCD_ECOLI ACCD_BACSU 597.0 41.3% 58.4% 36 6
    Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta SUCC_ECOLI SUCC_BACSU 1136.0 53.9% 74.2% 3 1
    Release factor glutamine methyltransferase PRMC_ECOLI PRMC_BACSU 293.0 29.0% 46.8% 21 8

  2. Локальное парное выравнивание

    3. Таблица 2.
    Protein name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage1 Coverage2
    Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta ACCD_ECOLI ACCD_BACSU 614.0 48.5% 66.5% 5 3 85.2% 88.3%
    Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta SUCC_ECOLI SUCC_BACSU 1136.0 54.3% 74.8% 0 0 99.2% 100%
    Release factor glutamine methyltransferase PRMC_ECOLI PRMC_BACSU 298.0 30.8% 49.5% 12 6 94.9% 94.1%

  3. Выравнивание неродственных белков

    4. Таблица 3. Глобальное выравнивание
    Protein name 1 Protein name 2 ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
    Sensor protein PhoQ Periplasmic serine endoprotease DegP PHOQ_ECOLI DEGP_ECOLI 25.5 4.5% 9.1% 680 12
    Таблица 4. Локальное выравнивание
    Protein name 1 Protein name 2 ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage1 Coverage2
    Sensor protein PhoQ Periplasmic serine endoprotease DegP PHOQ_ECOLI DEGP_ECOLI 54.5 19.5% 39.5% 53 10 38.5% 35.9%
    Комментарий:

    Было проведено выравнивание разных по функциям белков Escherichia Coli K-12: Sensor protein PhoQ и Periplasmic serine endoprotease DegP. Результаты представлены в таблицах 3 и 4. Как видно из результатов Score, Identity, Similarity имеют очень низкие значения, из чего мы можем сделать вывод, что данные белки не являются гомологичными. Тем не менее локальное выравнивание показало более высокие результаты, чем глобальное. Это объясняется тем, что локальное выравнивание проходит по более короткому участку последовательности белка, чем при глобальном выравнивании.

  4. Множественное выравнивание

    5. Для выравнивания была выбрана мнемоника SUCC_* (Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta). В UniProt содержится 512 записей с такой мнемоникой (также есть 5 устаревших). Из них было выбрано 7: SUCC_ECOLI; SUCC_BACSU: SUCC_LEPIN; SUCC_PYRAE; SUCC_BRADU; SUCC_SHEON; SUCC_CHLAA. Последовательности я получил при помощи Jalview и выравнил их с помощью программы Muscle. Ознакомится с выравниванием можно по ссылке на скачивание. Данное выравнивание говорит о возможной гомологичности данных белков, т.к. присутствуют большое количество широких высоконсервативных участков: 3-9; 55-60; 72-75; 273-294; 301-311; 329-340. При этом стоит отметить, что основная часть полностью консервативных участков попадает в диапозон 208-397.