- Параметры запуска
| Database
|
Algorithm |
Organism |
| refseq protein |
blastp (protein-protein BLAST) |
none |
| General parameters |
| Max target sequences
|
Expect threshold |
Word size |
| 100 |
0.05 |
6 |
| Scoring Parameters |
| Matrix
|
Gap Costs |
Compositional adjustments |
| 100 |
Existence: 11, Extension: 1 |
Conditional compositional score matrix adjustment
|
Filter: Low complexity regions
- Результаты
Здесь находится ссылка на выдачу программы.
C помощью программы Blast были найдены гомологичные белки для моего белка.
При запросе был установлен низкий порог E-Value, благодаря чему в выдаче скорее всего находятся потенциально гомологичные последовательности. Изначально была выбрана база данных Swiss-Prot, но при данных параметрах были найдены только две находки, поэтому я выбрал базу данных RefSeq.
Были выбраны 5 находок и выравнены с последовательностью моего белка в программе Jalview c помощью алгоритма Muscle ( ссылка на скачивание проекта).
Данное выравнивание говорит о возможной гомологичности данных белков, т.к. присутствуют большое количество широких высоконсервативных участков.
Гомологи зрелого вирусного белка, вырезанного из полипротеина.
По результатам поиска вирусных белков в Uniprot был выбран полипротеин Murine coronavirus. Затем выбран зрелый белок в поле FT c координатами 4014-4207. Данная последовательность была направлена на запрос в программе Blast с теми же параметрами, что и в первом задании за исключением параметра word-size здесь я значение поменял на 2.
Выдача программы находится по ссылке. Из выдачи были выбраны 5 находок и провыедено с ними и с нашим запросом множественное выравнивание в JalView.
В выравнивании присутствуют множество консервативных участков, например, 38-44, 52-63, 84-90, 180-184, 127-132.
Таким образом, можно предположить, что данные участки полипротеинов являются гомологичными. Выравнивание можно скачать по ссылке.
| Полипротеин Murine coronavirus |
| UniProt ID
|
R1AB_CVMA5 |
| UniProt AC
|
P0C6X9; O39225; O39226; P16342; P19750; |
| Organism
|
Murine coronavirus (strain A59) (MHV-A59) (Murine hepatitis virus) |
| UniProt ID
|
R1AB_CVMA5 |
| Координаты белока, вырезанного из полипротеина |
| Начало
|
4014 |
| Конец
|
4207 |
| Последовательность вырезанного из полипротеина белка
|
ссылка |
Исследование зависимости E-value от объёма банка.
При применении фильтра по организмам (Viruses), количество находок не изменилось, тем не менее E-value многих находок изменилось. Для вычисления доли белков была взята находка с AC P0C6V0.1. По теореме С.Карлина: E-value=K*m*n*(e^(-λ * S)). Без филтра его E-value было равно 7e-127, после стало 3e-128. Соотвенственно доля вирусных белков в UniProtKB/SwissProt:
n(вирусных)/n(общих) = E-value(вирусных)/E-value(общих) = 3e-128/7e-127*100 = 4,29%