**************************************************************************** Overlap area in Angstrom^2 between polygons defined by atoms on successive bases. Polygons projected in the mean plane of the designed base-pair step. Values in parentheses measure the overlap of base ring atoms only. Those outside parentheses include exocyclic atoms on the ring. Intra- and inter-strand overlap is designated according to the following diagram: i2 3' 5' j2 /|\ | | | Strand I | | II | | | | | \|/ i1 5' 3' j1 step i1-i2 i1-j2 j1-i2 j1-j2 sum 1 GG/CC 1.39( 0.19) 0.00( 0.00) 0.60( 0.00) 0.00( 0.00) 1.98( 0.19) 2 GG/CC 1.59( 0.34) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.96( 0.79) 3.55( 1.12) 3 GC/GC 7.17( 4.52) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.78( 1.92) 11.95( 6.45) 4 CU/GG 0.66( 0.19) 0.00( 0.00) 0.20( 0.00) 3.12( 1.61) 3.97( 1.81) 5 UU/AG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.94( 0.05) 1.04( 0.88) 2.98( 0.92) 6 UG/CA 0.07( 0.00) 0.00( 0.00) 1.85( 0.97) 0.70( 0.03) 2.63( 1.00) 7 GG/UC 1.63( 0.32) 0.00( 0.00) 1.24( 0.00) 0.00( 0.00) 2.87( 0.32) 8 GG/CU 2.85( 1.35) 0.00( 0.00) 0.03( 0.00) 0.68( 0.18) 3.57( 1.53) 9 GU/AC 5.43( 2.58) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.91( 3.51) 10.34( 6.08) 10 UG/CA 0.24( 0.00) 0.00( 0.00) 2.92( 1.50) 0.02( 0.00) 3.18( 1.50) 11 GG/CC 3.96( 2.44) 0.00( 0.00) 0.73( 0.00) 0.00( 0.00) 4.68( 2.44) 12 GU/AC 5.72( 2.76) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.73( 1.98) 10.45( 4.75) 13 UU/GA 6.06( 3.21) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.91( 2.92) 10.97( 6.13) 14 UU/UG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 15 UA/CU 6.16( 3.33) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.29( 2.43) 11.45( 5.76) 16 AG/CC 2.88( 0.92) 0.00( 0.00) 0.02( 0.00) 2.20( 0.77) 5.09( 1.69) 17 GG/CC 2.12( 0.67) 0.00( 0.00) 0.96( 0.00) 0.00( 0.00) 3.08( 0.67) 18 GG/CC 3.20( 1.70) 0.00( 0.00) 0.10( 0.00) 0.46( 0.03) 3.76( 1.73) 19 GU/AC 5.61( 2.72) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.72( 3.27) 10.33( 5.99) 20 UG/CA 0.45( 0.00) 0.00( 0.00) 2.99( 1.16) 0.00( 0.00) 3.44( 1.16) 21 GA/GC 1.63( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.10( 3.22) 7.72( 3.22) 22 AG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.18( 0.00) 0.38( 0.11) 1.56( 0.11) 23 GC/GC 3.48( 0.93) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.78( 3.35) 10.25( 4.28) 24 CU/AG 1.70( 0.17) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.42( 1.97) 4.12( 2.14) 25 UC/GA 1.04( 0.20) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.66( 0.39) 2.70( 0.58) 26 CA/UG 0.00( 0.00) 0.73( 0.00) 6.52( 4.11) 0.00( 0.00) 7.25( 4.11) 27 AG/CU 2.48( 0.30) 0.00( 0.00) 0.06( 0.00) 0.00( 0.00) 2.54( 0.30) 28 GG/UC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 29 GG/CU 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00)