Нуклеотидные банки данных

Описание сборки генома Canis lupus

Canis lupus (серый волк) – вид хищных млекопитающих из семейства псовых. Волк является самым крупным видом семейства псовых и вторым по величине хищником в Европе после бурого медведя. Волки предпочитают лесистую местность и выбирают для жилья равнинные или горные участки с негустой растительностью и умеренным климатом. Волки встречаются в большинстве районов Европы и Азии, а также на территории Северной Америки.

Кекс
Canis lupus. Author: Vladimír Motyčka
Число сборок генома 17
Assembly name mCanLor1.2
GenBank assembly accession GCA_905319855.2
Общая длина 2,447,463,909
Число контигов 248
Число скэффолдов 82
N50 скэффолдов 65,778,685
L50 скэффолдов 15
N50 контигов 34,375,412
L50 контигов 25
L50 контигов 25
Ссылка на последовательность одного из контигов CAJNRB020000020.1

CDS представителя Podoviridae

Запрос (20000:30000[Sequence Length]) AND Podoviridae[Organism] AND complete genome
количество находок в GenBank\RefSeq 23\6
AC NC_019931
Название вируса Helicobacter phage KHP40
Taxonomy Viruses; Duplodnaviria; Heunggongvirae; Uroviricota; Caudoviricetes; Caudovirales; Podoviridae; Schmidvirus.
TaxID 1987150
Taxonomy Viruses; Duplodnaviria; Heunggongvirae; Uroviricota; Caudoviricetes; Caudovirales; Podoviridae; Schmidvirus.
Тип генома Circular dsDNA
Virus host Helicobacter pylori
CDS ссылка

Последовательность получения CDS файла: "Send to: Coding Sequence" –> "Format FASTA Nucleotide" –> "Create File"

Описание ключей локальных особенностей

sig_peptide участок, кодирующий сигнальный пептид

AC: NM_001112800

 sig_peptide     212..316
                     /gene="SLC8A1"
                     /gene_synonym="NCX1"
                     /inference="COORDINATES: ab initio prediction:SignalP:4.0"

mat_peptide последовательность, кодирующая зрелый пептид или белок

AC:NG_047042

join(57969..58073,61212..61284,65929..66038,66159..66356,
                     70918..70995)
                     /gene="CDC42"
                     /gene_synonym="CDC42Hs; G25K; TKS"
                     /product="Cell division control protein 42 homolog.
                     /id=PRO_0000030425"
                     /note="propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P60953.2)"

ncRNA последовательность, не кодирующая белок; в результате транскрипции образуется РНК отличная от тРНК и рРНК

AC:NG_011594

 ncRNA           complement(join(58796..60991,62151..62254,65569..65745))
                     /ncRNA_class="lncRNA"
                     /gene="DIAPH1-AS1"
                     /product="DIAPH1 antisense RNA 1"
                     /transcript_id="NR_038333.1"
                     /db_xref="GeneID:100505658"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:40177"

operonпоследовательность, с которой транскрибируется полицистронная РНК

AC:AJ271079

 operon          77233..82753
                     /operon="psbB"

regulatoryучасток последовательности, который регулирует процессы транскрипции, трансляции, репликации, а также укладку хроматина.

AC:NM_001395683

 regulatory      10465..10470
                     /regulatory_class="polyA_signal_sequence"
                     /gene="DICER1"
                     /gene_synonym="aviD; DCR1; Dicer; Dicer1e; GLOW; HERNA;
                     K12H4.8-LIKE; MNG1; RMSE2"
                     /note="hexamer: AATAAA"