Для анализа я выбрала семейство доменов ABC_ATPase. По данным из Pfam на 2024:
AC:PF20446
ID:ABC_N
Seed:28
Full:1036
3D-structure:4
Domain Architectures:11
Транспортеры ABC используют энергию связывания и гидролиза АТФ для транспортировки различных субстратов через клеточные мембраны. Участвуют в транспортировке широкого спектра различных соединений, таких как сахара, ионы, пептиды и более сложные органические молекулы.
В графе Taxonomy представлено 5000 таксонов. 3000 таксонов относится к бактерия, гораздо меньше таксонов относится к эукаротам и археям.
Максимальных достоверных блоков, включающие все последовательности нет, но есть один максимальный достоверный блок, включающий не все последовательности (50-54). один участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. Одним участоком выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, является блок 191-216, маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. Можно предположить, что последовательности гомологичны, но претерпели множество локальных мутаций.
При помощи BLASTp на сайте NCBI была построена карта локального сходства (Рис. 2.). По горизонтальной оси отложена последовательность белка Q9KLF8 с доменной архитектурой PF20446 - PF09818 - PF21117, по вертикальной – Q59022 с доменной архитектурой PF20446 - PF09818.
На карте видим участки локального сходства (то есть на данных участках мы наблюдаем сходство двух белковых последовательностей). Стоит заметить, что одна из линий прерывиста. Разрывы соответствуют инделям в выравнивании данных двух последовательностей.