Для выполнения этого задания я пользовалась программой Ксении Кирцовой.
В качестве референсного выравнивания я выбралa MSAprobs, результаты сравнения которого с остальными приведены в таблице 1-2.
Блок 1 (85-142) (85-142)
Блок 2 (169-188) (169-188)
Блок 3 (192-226) (192-226)
Блок 4 (229) (230)
Блок 5 (233-265) (233-265)
Блок 6 (270-273) (270-273)
Блок 7 (279-283) (279-283)
Блок 8 (294-309) (294-309)
Блок 9 (313-325) (313-325)
Блок 10 (328-364) (328-364)
Блок 11 (370-390) (370-390)
Блок 12 (394-396) (394-396)
Блок 13 (402-414) (402-414)
Блок 14 (416-417) (416-417)
Блок 15 (419-432) (419-432)
Блок 16 (438-477) (438-477)
Блок 17 (480-484) (480-484)
Блок 18 (486-509) (486-509)
Блок 19 (512-538) (512-538)
Блок 20 (556-557) (556-557)
Таб. 1. Совпадающие блоки относительно MSAprobs и MAFFT.
Блок 1 (71) (71)
Блок 2 (84-142) (84-142)
Блок 3 (169-189) (170-190)
Блок 4 (205-225) (206-226)
Блок 5 (229) (231)
Блок 6 (233-252) (234-253)
Блок 7 (256-265) (257-266)
Блок 8 (270-273) (271-274)
Блок 9 (279-283) (280-284)
Блок 10 (294-307) (295-308)
Блок 11 (309) (310)
Блок 12 (313-325) (314-326)
Блок 13 (328-348) (329-349)
Блок 14 (353-364) (354-365)
Блок 15 (370-385) (371-386)
Блок 16 (391-392) (392-393)
Блок 17 (397) (401)
Блок 18 (403-414) (411-422)
Блок 19 (416-417) (424-425)
Блок 20 (419-432) (427-440)
Блок 21 (438-477) (446-485)
Блок 22 (480-484) (488-492)
Блок 23 (486-509) (494-517)
Блок 24 (512-538) (520-546)
Блок 25 (556-557) (564-565)
Таб. 2. Совпадающие блоки относительно MSAprobs и Tcoffee.
Исходя из полученных данный делаем вывод, что алгоритмы работы программ MSAprobs и MAFFT более схожи, чем MSAprobs и Tcoffee,
так как общая длина совпадающих колонок в выравнивании MSAprobs и MAFFT больше, чем общая длина совпадающих колонок MSAprobs и Tcoffee.
Построение выравнивания по совмещению структур
Для того, чтобы построить выравнивание 3D структур были выбраны 3 структуры из случайно выбранного семейства Alpha amylase, catalytic domain c (PF00128). Структуры:
1AMY
1AQH
1AQM
С помощью Analyze ->Pairwise Structure Alignment на сайте PDB было получено парное выравнивание структур:
Рис. 1. Результат выравнивания трёх белковых последовательностей.Рис. 2. Результат выравнивания трёх белковых последовательностей.Рис. 3. Совмещение структур..
В качестве референсной структуры был 1AMY.
Описание программы MAFFT
MAFFT - программа MSA, разработанная в 2002 году японскими учеными.
Гомологичные области быстро идентифицируются программой с помощью быстрого преобразования Фурье, при котором аминокислотная последовательность преобразуется в последовательность, состоящую из значений объема и полярности каждого аминокислотного остатка.
MAFFT использует упрощенную систему подсчета очков счета выравнивания, которая хорошо работает для сокращения процессорного времени и повышения точности выравниваний.
Скорость работы MAFFFT значительно выше, чем у многих других алгоритмов MSA (например, CLUSTALW и T-COFFEE), при этом точность сопоставима с другими алгоритмами.
