Строение SAICAR-синтазы Mycobacterium abscessus в комплексе с ингибитором

На Pис.1 отображена SAICAR-синтаза, или фосфорибозиламиноимидазолсукцинокарбоксамидсинтаза, являющаяся макромолекулой - белком-ферментом.

Рис. 1. Общий вид хода остова цепи SAICAR-синтазы Mycobacterium abscessus в комплексе с ингибитором.

В данном белке присутствует одна полимерная цепь, при этом биологическая единица белка не отличается от асимметрической.

Белок был получен из Mycobacterium abscessus (uniprot_id - B1MHW4; название белка в базе Uniprot - PUR7_MYCA9).

Мутаций в последовательности относительно референсной последовательности из Uniprot нет, модифицированные аминокислотные остатки в составе цени не обнаружены.

Рис. 2. SAICAR-синтаза Mycobacterium abscessus в комплексе с ингибитором по типу вторичной структуры.

Малые молекулы в SAICAR-синтазе

В записи присутствуют 3 разных лиганда:

Q0T (этил 2-[4-(6-азанил-5-циано-пиримидин-4-ил)пиразол-1-ил]этаноат)

SO4 (сульфат-ион)

EDO (1,2-этандиол)

Рис. 3-4. Малые молекулы в окружении аминокислотных остатков

Взаимодействия

Рис. 5-6. Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка.
Рис. 7-8. Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот.
Рис. 9. Отсутствие дисульфидной связи.
Рис. 10. Солевой мостик.
Рис. 11. Стекинг.

Ферментативная активность

SAICAR-синтаза катализирует химическую реакцию, входе которой образуется фосфорибозиламиноимидазолеучцинокарбоксамид (SAICAR):

АТФ + 5-амино-1-(5-фосфо-D-рибозил)имидазол-4-карбоксилат + L-аспартат <=> АДФ + 2H(+) + фосфат + (2S)-2-[5-амино-1-(5-фосфо-β-D-рибозил)имидазол-4-карбоксамидо]сукцинат

Каталитически важными являются остатки Arg-17, Phe-29 и His-69, которые необходимые для удерживания родного субстрата этого фермента.*

Рис. 12-13. Остатки Arg-17, Phe-29 и His-69, взаимодействующие между собой. Есть стекинг между His-69 и Phe-29, и водородная связь между Phe-29 и Arg-17.
Рис. 14-15. Ближайшее окружение остатков Arg-17, Phe-29 и His-69 (на расстоянии до 5 ангстрем от отстатков).
Рис. 16. Взаимодействия между остатками Arg-17, Phe-29 и His-69 и их окружением. Образуется многожество водородных связей.

*Является некоторым упрощением, поскольку в аннотации не приведен раздел "Active site".