Мой миниобзор был посвящен бактерии Pseudomonas syringae. Для поиска всех белков данной бактерии я делала запрос в базе данных UniProtKB: (taxonomy_name:"Pseudomonas syringae"). В результате нашлось 851637 записей, среди кототорых было 172 записи с annotation score, равной 5. Я выбрала дезоксирибозофосфатальдолазу (DEOC_PSEU2), поскольку данный белок является потенциально ценным биокатализатором для синтетических хиральных соединений.
Дезоксирибозофосфатальдолаза - этот фермент, принадлежащий к семейству лиаз, в частности альдегидлиаз, которые расщепляют углерод-углеродные связи.
Фермент дезоксирибозофосфатальдолаза катализирует обратимую химическую реакцию:
2-дезокси-D-рибоза-5-фосфат = D-глицеральдегид-3-фосфат + ацетальдегид
Продукты данной реакции, D-глицеральдегид-3-фосфат и ацетальдегид (впоследствии превращенный в ацетил-КоА), могут поступать в пути гликолиза и цикла Креба соответственно.
Было интересно проверить, если данный белок у человека. Оказалось, что и у человека он есть (поиск выдал 1 запись).
(ec:4.1.2.4) AND (taxonomy_id:9606) AND (reviewed:true)
Мой белок кодируется геном deoC. Проверила, сколько ещё записей существует для данного гена (поиск выдал 26849 записей; оказалось, что данный ген распространён и среди других организмов, при этом он также кодирует дезоксирибозофосфатальдолазу).
(gene:deoC)
Решила проверить, сколько еще существует лиаз у Pseudomonas syringae. Поиск выдал 6329 записей о найденных лиазах у Pseudomonas syringae.
(taxonomy_id:317) AND (keyword:KW-0456)